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我正在尝试编写一个 PHP 脚本以利用 NCBI（国家生物技术信息中心）的 E-utilities 服务。

我可以提供一个带有搜索词的 url（在本例中为“alaS”）并毫无问题地检索 XML 结果，代码如下：

<?php
$startUrl="http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=gene&term=alaS&retmax=10000&usehistory=y";

$xml1=simplexml_load_file($startUrl) or die("Error: Cannot create object");

foreach ($xml1->IdList->children() as $child1)
   {
$newUrl1="http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/elink.fcgi?dbfrom=gene&db=protein&id=" . $child1;
echo $newUrl1 . "<br>";
   };
?>

这工作正常（结果可以在http://djcamenares.x10.mx/testing/parse1.php

但是，当我尝试获取结果链接并让脚本检索其结果时，我什么也得不到。这是以下代码：

<?php
$startUrl="http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=gene&term=alaS&retmax=10000&usehistory=y";

$xml1=simplexml_load_file($startUrl) or die("Error: Cannot create object");
$geneIDa=array();

foreach ($xml1->IdList->children() as $child1)
   {
$newUrl1="http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/elink.fcgi?dbfrom=gene&db=protein&id=" . $child1;
array_push($geneIDa, $newUrl1);
   };

foreach ($geneIDa as $x1)
{
$xml2=simplexml_load_file($x1) or die("Error: Cannot create object");

echo $xml2->LinkSet->LinkSetDb[1]->Link->Id . "<br>";
};
?>

可在http://djcamenares.x10.mx/testing/parse3.php 获得

有什么建议么？也许我应该以更好的方式来构建我的整体程序？我需要将变量/结果来回传递给该实用程序服务器 3 次（一次搜索基因 ID，然后将每个基因 ID 与蛋白质 ID 链接，最后检索蛋白质序列）。

感谢您的帮助；对不起，如果这个问题是多余的或已经回答；我对 PHP 比较陌生。

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