r - 使用 ggbio 和 ggplot2 为单个基因添加标签

Question

我正在尝试将基因标签添加到使用 ggbio 包呈现基因组片段的绘图中。

我正在使用该autoplot()函数并传入一个 GenomicRanges 对象。GRange 对象有一列元数据标签，我希望这些标签出现在每个图形段顶部的生成图上。

问题：如何从元数据列向 ggbio/ggplot2 图添加标签？

我的代码如下，没有标签，g 作为 GenomicRanges 对象。

autoplot(g)

Answer 1

正如用户 zx8754 之前建议的那样，我将遵循ggbio 手册，但重点关注第2.2.5 节从 GRangesList 对象制作基因模型。

基本上，关于如何从元数据列向 ggbio 图添加标签的问题的答案是根据元数据列拆分 granges 对象，并将 autoplot 函数与这个命名的 grangeslist 一起使用。type="exon"这里的技巧是预先向 granges 对象添加一个额外的列，以模拟基因/转录模型结构。

library(ggbio)
library(GenomicRanges)

g <- GRanges(seqnames = "chr1",
             ranges = c("100-150","150-200"), 
             strand = c("+","-"),
             group = c("A","B"),
             type = "exon")
autoplot(g)

grl <- split(g, g$group)
autoplot(grl)
#> Constructing graphics...

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