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我正在尝试在 R 中制作如下图（在 MATLAB 中生成）。 SOM ANN 网格图像

我需要使用 ggplot 因为我需要将矩形一个一个地添加到“网格”中，并根据强度从 0 到 1 的矩阵设置每个矩形的背景。现在，我有一个包含所有矩形（密度属性）和矩形边框（顶部、左侧、右侧、底部、top.lefts 等）的强度。可以在此处找到我的完整 R 脚本的链接，该脚本定义了以下数据框定义中引用的所有变量：http: //pastebin.com/JUUmnTSq。

g <- ggplot()
df <- data.frame(
  x = c(1:somPEs),
  y = c(1:somPEs),
  density = hm2/max(hm2),
  tops = fence_edges[,1],
  bottoms = fence_edges[,2],
  lefts = fence_edges[,3],
  rights = fence_edges[,4],
  top.lefts = fence_diagonals[,1],
  top.rights = fence_diagonals[,2], 
  bottom.lefts = fence_diagonals[,3], 
  bottom.rights = fence_diagonals[,4]
)
ggplot() +
  geom_rect() +     <- the redscaled rectangles 
  geom_segment() +  <-- the grayscaled borders on the rectangles
  geom_line()       <-- the green scatter plots connected by lines

请注意，“top.lefts、top.rights”等是对角线“像素”值。本质上，这是用于神经网络无监督学习的自组织图的视觉效果。我基本上只是不知道如何使用数据框信息填写 ggplot 的 geom_*() 方法。

谁能帮我做到这一点？Ggplot 很难掌握，我不知道如何使用普通的 rect()、plot()、segments() 函数等将矩形添加到同一个图中。

谢谢你尽你所能的帮助！

更新：这是我到目前为止的进展，基于下面的“主题”和“刻面”的有用名称删除。基本上我现在想要的只是能够根据我指定的强度在边框中着色。有任何想法吗？

在此处输入图像描述

# Plot
require(ggplot2)
mxW = max(max(max(w)));
deltax = 1/inputPEs;
hm2 <- as.vector(matrix(hm, byrow=TRUE))  
it=1;
# Reshape w to a 3D matrix of dimension: c(sqrt(somPEs), sqrt(somPEs), inputPEs)
dim(w) <- c(sqrt(somPEs), sqrt(somPEs), inputPEs)
w <- aperm(w, c(2, 1, 3))

df <- data.frame(
  somPEs = c(1:somPEs),      
  xp = do.call(rbind, replicate(6, cbind(matrix(0, nrow=sqrt(somPEs)),
         t(sapply(rep(1,sqrt(somPEs)), function(i) seq(-1+i+deltax,i- 
                                 deltax,deltax)))), simplify=FALSE)),
  yp = sapply(c(1:sqrt(somPEs)), function(i) 0.2+0.8*w[i,1:sqrt(somPEs),]/mxW),
  density = hm2/max(hm2),
  tops = fence_edges[,1],
  bottoms = fence_edges[,2],
  lefts = fence_edges[,3],
  rights = fence_edges[,4],
  top.lefts = fence_diagonals[,1],
  top.rights = fence_diagonals[,2], 
  bottom.lefts = fence_diagonals[,3], 
  bottom.rights = fence_diagonals[,4]
)

ggplot() + geom_rect(data=df,aes(xmin=0,xmax=1,ymin=0,ymax=1,fill=density)) +
geom_line(data=df, aes(x=c(xp.1, xp.2, xp.3, xp.4, xp.5, xp.6), 
      y=c(yp.1, yp.2, yp.3, yp.4, yp.5, yp.6)), colour="green") + 
facet_wrap( ~ somPEs, ncol=sqrt(somPEs)) +
scale_x_continuous(limits = c(0, 1)) + scale_y_continuous(limits = c(0,1))
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