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我确定有人问过这个问题，但我找不到它，所以我为冗余道歉。

我想使用 grep 或 egrep 来查找其中包含“ P ”或“ CA ”的每一行并将它们通过管道传输到一个新文件。我可以使用以下方法轻松地做到这一点：

egrep ' CA ' all.pdb > CA.pdb

或者

egrep ' P ' all.pdb > P.pdb

我是正则表达式的新手，所以我不确定or.

更新： 输出行的顺序很重要，即我不希望输出按照它匹配的字符串对行进行排序。以下是一个文件前 8 行的示例：

ATOM      1 N    THR U  27     -68.535  88.128 -17.857  1.00  0.00      1H5  N  
ATOM      2 HT1  THR U  27     -69.437  88.216 -17.434  0.00  0.00      1H5  H  
ATOM      3 HT2  THR U  27     -68.270  87.165 -17.902  0.00  0.00      1H5  H  
ATOM      4 HT3  THR U  27     -68.551  88.520 -18.777  0.00  0.00      1H5  H  
ATOM      5 CA   LYS B 122    -116.643  85.931-103.890  1.00  0.00      2H2B C  
ATOM      6 P    THY J   2     -73.656  70.884  -7.805  1.00  0.00      DNA2 P  
ATOM      8 HB   THR U  27     -68.543  88.566 -15.171  0.00  0.00      1H5  H  
ATOM      9 CA   LYS B 122    -116.643  85.931-103.890  1.00  0.00      2H2B C  
ATOM     10 P    THY J   2     -73.656  70.884  -7.805  1.00  0.00      DNA2 P  
ATOM     11 HB   THR U  27     -68.543  88.566 -15.171  0.00  0.00      1H5  H  
ATOM     12 C    SER D   2     -73.656  70.884  -7.805  1.00  0.00      DNA2 C  
ATOM     13 OP1  SER D   2     -73.656  70.884  -7.805  1.00  0.00      DNA2 O

我希望这个例子的结果文件是：

ATOM      5 CA   LYS B 122    -116.643  85.931-103.890  1.00  0.00      2H2B C  
ATOM      6 P    THY J   2     -73.656  70.884  -7.805  1.00  0.00      DNA2 P  
ATOM      9 CA   LYS B 122    -116.643  85.931-103.890  1.00  0.00      2H2B C  
ATOM     10 P    THY J   2     -73.656  70.884  -7.805  1.00  0.00      DNA2 P
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2 回答 2

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你可以grep这样使用：

grep ' P \| CA ' file > new_file

该|表达式表示“或”。我们必须逃避它，才能看出grep它有特殊的意义。

您可以避免这种转义并使用带有扩展的更高级的东西grep：

grep -E ' (P|CA) ' file > new_file

一般来说，我更喜欢awk语法，因为它更清晰，更容易扩展：

awk '/ P / || / CA /' file

或者给定您的示例输入，当发生这种情况时，您可以使用awk它来检查它是否在第 3 列中：

$ awk '$3=="CA" || $3=="P"' file
ATOM      5 CA   LYS B 122    -116.643  85.931-103.890  1.00  0.00      2H2B C
ATOM      6 P    THY J   2     -73.656  70.884  -7.805  1.00  0.00      DNA2 P
ATOM      9 CA   LYS B 122    -116.643  85.931-103.890  1.00  0.00      2H2B C
ATOM     10 P    THY J   2     -73.656  70.884  -7.805  1.00  0.00      DNA2 P

测试

$ cat file
hello P is here and CA also
but CA appears
nothing here
P CA
$ grep ' P \| CA ' file
hello P is here and CA also
but CA appears
$ grep -E ' (P|CA) ' file
hello P is here and CA also
but CA appears
$ awk '/ P / || / CA /' file
hello P is here and CA also
but CA appears
于 2015-05-29T12:48:41.787 回答
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下一个命令将搜索目录中存在的所有文件/path_to_your_dir/并将日志输出到/tmp/grep.log：

grep 'P|CA' -Er /path_to_your_dir/ > /tmp/grep.log

如果您需要不区分大小写，请替换-Er为-Eri.
在文件中/tmp/grep.log，您将看到文件的路径和匹配的字符串。
如果您需要搜索具有特定扩展名的文件，请编写如下内容：

grep 'P|CA' -Er --include=*.php /path_to_your_dir/ > /tmp/grep.log

希望它会帮助你。

于 2015-05-29T13:19:14.177 回答