r - 如何绘制具有显着水平的箱线图？

Question

前段时间我问了一个关于绘制箱线图Link1的问题。

我有一些包含 3 个不同组（或标签）的数据，请在此处下载。我可以使用以下 R 代码来获取箱线图

library(reshape2)
library(ggplot2)

morphData <- read.table(".\\TestData3.csv", sep=",", header=TRUE);
morphData.reshaped <- melt(morphData, id.var = "Label")

ggplot(data = morphData.reshaped, aes(x=variable, y=value)) + 
  + geom_boxplot(aes(fill=Label))

在这里，我只是想知道如何将显着水平置于箱线图之上。为了清楚起见，我在此处放了一张从论文中截取的屏幕截图：

Answer 1

我知道这是一个老问题，DatamineR 的回答已经为这个问题提供了一个解决方案。但我最近创建了一个 ggplot-extension，它简化了添加重要性条的整个过程：ggsignif

无需繁琐地将geom_lineand添加annotate到您的绘图中，您只需添加一个图层geom_signif：

library(ggplot2)
library(ggsignif)

ggplot(iris, aes(x=Species, y=Sepal.Length)) + 
  geom_boxplot() +
  geom_signif(comparisons = list(c("versicolor", "virginica")), 
              map_signif_level=TRUE)

CRAN提供了该软件包的完整文档。

Answer 2

我不太明白你所说的具有显着水平的箱线图是什么意思，但这里有一个建议，你可以如何生成这些条形图：我会用条形图的坐标来解决这个构建小数据框的问题。这里有一个例子：

pp <- ggplot(mtcars, aes(factor(cyl), mpg)) + geom_boxplot()
df1 <- data.frame(a = c(1, 1:3,3), b = c(39, 40, 40, 40, 39))
df2 <- data.frame(a = c(1, 1,2, 2), b = c(35, 36, 36, 35))
df3 <- data.frame(a = c(2, 2, 3, 3), b = c(24, 25, 25, 24))

pp + geom_line(data = df1, aes(x = a, y = b)) + annotate("text", x = 2, y = 42, label = "*", size = 8) +
     geom_line(data = df2, aes(x = a, y = b)) + annotate("text", x = 1.5, y = 38, label = "**", size = 8) +
     geom_line(data = df3, aes(x = a, y = b)) + annotate("text", x = 2.5, y = 27, label = "n.s.", size = 8)