我在尝试在 ggplot 中使用 facet_wrap 时遇到了一个令人困惑的问题,其中既有我的真实数据集,也有一个简化的虚拟数据集。我正在尝试为多个个体绘制整个基因组的杂合性,每个染色体分别显示。
我的虚拟数据:
chr1 123000 124000 2 0.00002 26 0.00026 indiv1
chr1 124000 125000 3 0.00003 12 0.00012 indiv1
chr1 125000 126000 1 0.00001 6 0.00006 indiv1
chr1 126000 126000 2 0.00002 14 0.00014 indiv1
chr2 123000 124000 6 0.00006 20 0.00020 indiv1
chr2 124000 125000 0 0.00000 12 0.00012 indiv1
chr1 123000 124000 2 0.00002 26 0.00026 indiv2
chr1 124000 125000 3 0.00003 12 0.00012 indiv2
chr1 125000 126000 1 0.00001 6 0.00006 indiv2
chr1 126000 126000 2 0.00002 14 0.00014 indiv2
chr2 123000 124000 6 0.00006 20 0.00020 indiv2
chr2 124000 125000 0 0.00000 12 0.00012 indiv2
我要读取数据的代码:
hetshoms <- read.table("fakedata.txt", header=F)
chrom <- hetshoms$V1
start.pos <- hetshoms$V2
end.pos <- hetshoms$V3
hets <- hetshoms$V4
het_stat <- hetshoms$V5
homs <- hetshoms$V6
hom_stat <- hetshoms$V7
indiv <- hetshoms$V8
HetRatio <- hets/(hets+homs)
当我尝试在 qplot 中分别绘制染色体时,它工作正常:
testplot <- qplot(start.pos, HetRatio, facets = chrom ~ ., colour=chrom)
但是当我在 ggplot 中尝试类似的事情时,它不起作用。第一部分工作正常:
testplot <- ggplot(hetshoms, aes(x=start.pos, y=HetRatio)) + geom_point(aes(color=chrom))
但是当我尝试添加 facet_wrap 时:
testplot + facet_wrap(~chrom)
这会产生以下错误
“错误 en layout_base(data, vars, drop = drop) : 至少一层必须包含用于构面的所有变量”
我尝试将 (as.formula(paste)) 添加到 facet_wrap() 并直接调用 hetshoms$V1 但都没有解决问题。
对于如何更正我的代码的任何建议,我将不胜感激。