bash - 循环遍历文件夹中的文件以获取具有多个输入的 shell 脚本

Question

为命令行工具指定多个输入？

我是 bash 新手，我想在包含大量文件的文件夹上循环命令行程序。

该脚本采用两个输入文件（在我的情况下，它们在文件名的一个字段中有所不同（“... R1 ”与“... R2 ”）。运行该工具的单个实例如下所示：

tool_name infile1 infile2 -o outfile_suffix

实际示例：

casper sample_name_R1_001.out.fastq sample_name_R2_001.out.fastq -o sample_name_merged

文件名格式：

DCP-137- 5102 -T1A3_S33_L001_R1_001.fastq
DCP-137- 5102 -T1A3_S33_L001_R2_001.fastq

粗体字段将在不同对（例如，2000、2110、5100 等）之间变化，每对由 R1 或 R2 区分。

我想知道如何在包含大量匹配文件对的文件夹上循环脚本，并确保输出 (-o) 获得“sample_name”后缀。

我熟悉基本的for file in ./*.*; do ... $file...; done，但这显然不适用于这个例子。任何建议，将不胜感激！

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您想遍历R1's 并从中派生R2合并文件名，例如：

for file1 in ./*R1*; do
    file2=${file1/R1/R2}
    merge=${file1#*R1}_merged
    casper ${file1} ${file2} -o ${merge}
done

注意：Markdown 将显示#*R1}_merged为评论 - 它不是

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