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我有一个问题，通过个人搜索没有找到任何答案。我想用分类变量制作一个热图（有点像这个：类似热图的图，但是对于分类变量），我想在左侧添加一个系统发育树（像这个：如何创建一个具有固定外部层次集群的热图）。理想的情况是改编第二个，因为它看起来更漂亮！;)

这是我的数据：

  • 一个 newick 格式的系统发育树，有 3 个物种，比方说：

    ((1,2),3);

  • 一个数据框：

    x<-c("species 1","species 2","species 3")
y<-c("A","A","C")
z<-c("A","B","A")
df<- data.frame(x,y,z)

（其中 A、B 和 C 是分类变量，例如在我的情况下存在/不存在/重复基因）。

你知道怎么做吗？

提前谢谢了！

编辑：我希望能够选择热图中每个类别的颜色，而不是经典的渐变。假设 A=绿色，B=黄色，C=红色

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其实是我自己想出来的。对于那些感兴趣的人，这是我的脚本：

#load packages
library("ape")
library(gplots)

#retrieve tree in newick format with three species
mytree <- read.tree("sometreewith3species.tre")
mytree_brlen <- compute.brlen(mytree, method="Grafen") #so that branches have all same length


#turn the phylo tree to a dendrogram object
hc <- as.hclust(mytree_brlen) #Compulsory step as as.dendrogram doesn't have a     method for phylo objects.
dend <- as.dendrogram(hc)
plot(dend, horiz=TRUE) #check dendrogram face

#create a matrix with values of each category for each species
a<-mytree_brlen$tip
b<-c("gene1","gene2")
list<-list(a,b)
values<-c(1,2,1,1,3,2)  #some values for the categories (1=A, 2=B, 3=C)
mat <- matrix(values,nrow=3, dimnames=list) #Some random data to plot

#plot the hetmap
heatmap.2(mat, Rowv=dend, Colv=NA, dendrogram='row',col =
        colorRampPalette(c("red","green","yellow"))(3), 
          sepwidth=c(0.01,0.02),sepcolor="black",colsep=1:ncol(mat),rowsep=1:nrow(mat),
      key=FALSE,trace="none",
      cexRow=2,cexCol=2,srtCol=45,
      margins=c(10,10),
      main="Gene presence, absence and duplication in three species")


#legend of heatmap
par(lend=2)           # square line ends for the color legend
legend("topright",      # location of the legend on the heatmap plot
   legend = c("gene absence", "1 copy of the gene", "2 copies"), # category  labels
   col = c("red", "green", "yellow"),  # color key
   lty= 1,             # line style
   lwd = 15            # line width
)

这是结果图:) 在此处输入图像描述

于 2015-03-12T13:10:30.903 回答
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我正在尝试使用您的相同语法和 R 包 ape、gplots 和 RColorsBrewer 来制作一个热图，其列树状图本质上是一个物种树。

但我无法继续阅读我的 tre 文件。尝试对读入的树文件执行以下任何操作时会出现各种错误：a）绘图或 b）compute.brlen 和 c）绘图，在 collapse.singles 之后，在物种树拓扑方面看起来完全被破坏了

我怀疑我的 tre 输入有问题，但不确定是什么。你会碰巧明白什么是错的，我该如何解决它？谢谢！

(((((((((((((Mt3.5v5, Mt4.0v1), 汽车), (((Pvu186, Pvu218), (Gma109, Gma189)), Cca)))), (((Ppe139, Mdo196), Fve226), Csa122)), (((((((Ath167, Aly107), Cru183), (Bra197, Tha173)), Cpa113), (Gra221, Tca233)), (Csi154, (Ccl165, Ccl182) ))), ((Mes147, Rco119),(Lus200, (Ptr156, Ptr210)))), Egr201)), Vvi145), ((Stu206, Sly225), Mgu140)), Aco195), (((Sbi79, Zma181) ),(Sit164, Pvi202)), (Osa193, Bdi192))), Smo91), Ppa152), (((Cre169, Vca199), Csu227), ((Mpu228, Mpu229), Olu231)));

于 2015-06-04T04:49:08.560 回答