python - 在 ipython 的系统 shell 命令中替换循环变量

Question

我想遍历一个列表（样本名称），并使用 ipython 的系统 shell 命令（“！”）对每个样本重复相同的命令。我以前做过这个没有问题，但是在这个特定的代码下不断收到一个 SyntaxError。如果您知道出了什么问题，请告诉我-谢谢！

这是示例代码（实际上有更多示例）：

samples = ["ERR007200", "ERR007204", "ERR007208"]
def remove_ambMap():
    !samtools view -q 20 -b home/pathToFile/{samp}.realn.bam | samtools sort - {samp}
for samp in samples:
    remove_ambMap()

请注意，samtools 是 $PATH 中的一个程序，如果我执行指定文件路径的命令，它可以工作 - 抱歉，这将无法重现，因为您需要安装该程序并且这些是大量基因组文件 - 我我希望有人能够发现问题所在！

Answer 1

对于此类任务，您将使用该subprocess模块；最简单的方法是使用该call方法shell=True：

from subprocess import call

def remove_ambMap(samp):
    call('samtools view -q 20 -b home/pathToFile/{samp}.realn.bam '
         '| samtools sort - {samp}'.format(samp=samp), shell=True)

for samp in samples:
    remove_ambMap(samp)