r - 将 Igraph 布局导出到 Cytoscape

Question

R我使用数据框Diff和邻接矩阵创建了一个 igraph 图，adjacency并希望layout.mds以Cytoscape. 我怎么可能做到这一点？

数据框如下：

差异：

 0.0  0.1  0.2  0.3  0.4
 0.1  0.0  0.5  0.6  0.7
 0.2  0.5  0.0  0.8  0.9
 0.3  0.6  0.8  0.0  1.0
 0.4  0.7  0.9  1.0  0.0

邻接：

0  1  1  0  0  0
0  0  0  1  1  0
0  1  0  0  1  0
0  0  0  0  0  1
1  0  0  1  0  0

以下是用于获取绘图的代码：

data <- Diff

library(igraph)
graph <- graph.full(nrow(data))

layout <- layout.mds(graph, dist=as.matrix(data), dim=3)
edge <- graph.adjacency(as.matrix(adjacency),mode="directed")

plot(edge, layout=layout)

Answer 1

您可以使用我们的包NetPathMiner，它具有plotCytoscapeGML将网络图导出为 GML 格式的功能，可以直接在 Cytoscape 中导入。

注意：在此处使用 RESTful 解决方案示例也应该是可行的。

注意： RCytoscape评论中的建议与 Cytoscape 3 不兼容。