c++ - 带有字符串键的矩阵是否有 Boost（或其他常见库）类型？

Question

我有一个密集矩阵，其中索引对应于基因。虽然基因标识符通常是整数，但它们不是连续的整数。它们也可以是字符串。

我想我可以使用带有整数键的某种增强稀疏矩阵，它们是否连续都没关系。或者这仍然会占据很大的空间，特别是如果某些基因有九位数的标识符？

此外，我担心稀疏存储是不合适的，因为这是一个全部矩阵（如果基因存在，每个细胞中都会有一段距离）。

我不太可能需要执行任何矩阵运算（例如，矩阵乘法）。我需要从矩阵（切片）中提取向量。

似乎最好的矩阵类型将由 Boost unordered_map（哈希映射）或什至可能只是一个 STL 映射作为键控。

我看错了吗？我真的需要自己动手吗？我以为我以前在某个地方看到过这样的课程。

谢谢！

Answer 1

如果不需要矩阵运算，则不需要矩阵。带有字符串键的 2D 映射可以用map<map<string> >纯 C++ 来完成，或者相应地使用 Boost 中的哈希映射。

Answer 2

您可以使用 astd::map将基因标识符映射到唯一的、连续分配的整数（每次向图谱添加新的基因标识符时，您可以将图谱的大小作为其标识符，假设您从未从图谱中删除基因）。

如果您希望能够根据其唯一整数搜索基因的标识符，您可以使用第二张地图，或者您可以使用 a boost::bimap，它提供了元素的双向映射。

至于使用哪个矩阵容器，您可以考虑boost::ublas::matrix；它提供了对矩阵行和列的类似向量的访问。

Answer 3

Boost.MultiArray 允许您使用非连续索引进行管理。

如果您想要一个使用静态大小的矩阵的高效实现，还有Boost.LA，它现在在审查计划中。

las 还有NT2应该很快提交给 Boost。