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通过使用 R ill 尝试打开包含 5 维空间和 15 个变量的 NetCDF 数据。(计算变量在矩阵 1000X920 中)

这个问题实际上看起来与之前的另一个问题相同。

我从这里其他人那里得到了解释

起初我使用 RNetCDF 包,但经过一些试验,我发现包读取我的数据时不一致。然后在使用 ncdf 包后终于更好了。

在单个文件中打开数据没有问题,但是在尝试循环在文件夹内的数百个数据中查找特定变量(例如:var no 15)后,程序失败了。

>  days = formatC(001:004, width=3, flag="0") 
>  ncfiles = lapply (days,
> function(d){  filename = paste("data",d,".nc",sep="")
>       open.ncdf(filename) })

同样,当我为特定变量尝试这样的命令时

> sapply(ncfiles,function(file,{get.var.ncdf(file,"var15")})

所以我的问题是,任何使用特殊变量读取所有 netcdf 文件然后在一帧中进行计算的解决方案。从我之前的解决方案无法在整个 netcdf 数据上生成变量 15。

感谢您对此问题的任何解决方案。

更新:

这是我做的最后一件事情

当我写

    library(ncdf)

files=list.files("allnc/",pattern='*nc',full.names=TRUE)

for(i in seq_along(files)) {
nc <- lapply(files[i],open.ncdf)
lw = get.var.ncdf(nc,"var15")
x=dim(lw)

rbind(df,data.frame(lw))->df }

我可以通过 > nc 获取所有 netcdf 数据

所以我如何自动获取具有新名称的变量数据,如 lw1、lw2 ......等我无法应用

var1 <- lapply(files, FUN = get.var.ncdf, variable = "var15")

然后我可以对所有数据进行计算。

我尝试使用 RNetCDF 包 n 进行循环的另一种技术

# Declare data frame
df=NULL

#Open all files
files= list.files("allnc/",pattern='*.nc',full.names=TRUE)

# Loop over files
for(i in seq_along(files)) {
nc = open.nc(files[i])

# Read the whole nc file and read the length of the varying dimension (here, the 3rd dimension, specifically time)
lw = var.get.nc(nc,'DBZH')
x=dim(lw)

# Vary the time dimension for each file as required
lw = var.get.nc(nc,'var15')

# Add the values from each file to a single data.frame
}

我可以获取可变数据,但我只从我的所有文件 nc. 注意:我的数据名称示例(data20150102001.nc,data20150102002.nc .....等)

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此解决方案使用 NCO,而不是 R。您可以使用它来检查您的 R 解决方案:

ncra -v var15 data20150102*.nc out.nc

就这些。NCO用户指南中的完整文档。

于 2015-02-27T20:52:29.697 回答
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您可以使用 CDO 的集成统计功能,但请注意,在某些系统上,文件数限制为 256:

cdo ensmean data20150102*.nc ensmean.nc

您可以将“平均值”替换为您选择的统计数据,最大值、标准、变量、最小值等...

于 2017-09-21T04:24:51.940 回答