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我正在使用一个 unix shell 脚本来构建基因组，然后创建系统发育。根据您使用的基因组组装器，最终输出（系统发育）可能会发生变化。我想比较使用各种基因组组装器的效果。我已经开发了一些指标来比较它们，但我需要帮助来组织它们，这样我才能运行有用的分析。我想将我的数据导入到列中的 excel 中。

这是我用来输出数据的脚本：

echo "Enter the size (Mb or Gb) of your data set:"
read SIZEOFDATASET
echo "The size of your data set is $SIZEOFDATASET"
echo "Size of Data Set:" >> metrics_file.txt 
echo $SIZEOFDATASET >> metrics_file.txt

echo "Enter the name of your assembler"
read NAMEOFASSEMBLER
echo "You are using $NAMEOFASSEMBLER as your assembler"
echo "Name of Assembler:" >> metrics_file.txt 
echo "$NAMEOFASSEMBLER" >> metrics_file.txt
echo "Time:" >> metrics_file.txt

目前的输出是这样的：

Size of Data Set:
387 Mb
Name of Assembler:
Velvet
Genome Size:
1745690
Time:

我希望它看起来像这样： 在此处输入图像描述

提前致谢！

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2 回答 2

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#!/bin/sh

in_file=in.txt      # Input file
params=3            # Parameters count
res_file=$(mktemp)  # Temporary file
sep=' '             # Separator character

# Print header
cnt=0
for i in $(cat $in_file | head -$((params*2))); do
    if [ $((cnt % 2)) -eq 0 ]; then
        echo $i
    fi
    cnt=$((cnt+1))
done | sed ":a;N;\$!ba;s/\n/$sep/g" >>$res_file

# Parse and print values
cnt=0
for i in $(cat $in_file); do
    # Print values, skip param names
    if [ $((cnt % 2)) -eq 1 ]; then
        echo -n $i >>$res_file
    fi

    if [ $(((cnt+1) % (params*2))) -eq 0 ]; then
        # Values line is finished, print newline
        echo >>$res_file
    elif [ $((cnt % 2)) -eq 1 ]; then
        # More values expected to be printed on this line
        echo -n "$sep" >>$res_file
    fi

    cnt=$((cnt+1))
done

# Make nice table format
cat $res_file | column -t
rm -f $res_file

解释

此脚本假定：

  • 输入文件称为“in.txt”（参见in_file变量）
  • 输入文件使用您在问题中描述的格式
  • 结果表应该有 3 列（见params变量）

大多数代码只是解析您的输入数据格式。实际的列格式是由column工具完成的。

如果要将此表导出到 excel，只需将sep变量更改为','并将结果输出保存到.csv文件。这个文件可以很容易地导入到 excel 应用程序中。

例子

输入文件：

Size
387
Name
Velvet
Time
13
Size
31415
Name
Minia
Time
18
Size
31337
Name
ABCDEF
Time
42

脚本输出：

Size   Name    Time
387    Velvet  13
31415  Minia   18
31337  ABCDEF  42
于 2015-02-27T00:21:17.843 回答
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Sam 的回答正好提供了您正在寻找的内容，但您也可以考虑使其更加精简，避免将指标文件转换为表格的需要，然后立即写入表格。例如，编写一个像这样的脚本 user_input.bash：

echo "Enter the size (Mb or Gb) of your data set:" > /dev/stderr
read SIZEOFDATASET
echo "The size of your data set is $SIZEOFDATASET" > /dev/stderr
echo "Enter the name of your assembler" > /dev/stderr
read NAMEOFASSEMBLER
echo "You are using $NAMEOFASSEMBLER as your assembler" > /dev/stderr
echo "Enter Time:" > /dev/stderr
read TIME
echo "You entered Time:" $TIME > /dev/stderr
echo "Name Size Time"
echo $NAMEOFASSEMBLER $SIZEOFDATASET $TIME

使用程序：

 ./user_input.bash > metrics.file.1.txt
    ./user_input.bash > metrics.file.2.txt
    ./user_input.bash > metrics.file.3.txt
    ...

收集所有结果：

head -n 1  metrics.file.1.txt > allmetrics.txt
tail -n +2 -q metrics.file.*.txt > allmetrics.txt

高温高压

于 2015-02-27T15:30:47.957 回答