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我的 R sessionInfo() 失败运行：

R version 3.1.2 (2014-10-31)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)

locale:
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252 
[2] LC_CTYPE=English_United States.1252   
[3] LC_MONETARY=English_United States.1252
[4] LC_NUMERIC=C                          
[5] LC_TIME=English_United States.1252    

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils    
[5] datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] caper_0.5.2     mvtnorm_1.0-2   MASS_7.3-35    
[4] gsubfn_0.6-6    proto_0.3-10    picante_1.6-2  
[7] nlme_3.1-118    vegan_2.2-1     lattice_0.20-29
[10] permute_0.8-3   ape_3.2        

loaded via a namespace (and not attached):
[1] cluster_1.15.3 grid_3.1.2     Matrix_1.1-4  
[4] mgcv_1.8-3     parallel_3.1.2 tcltk_3.1.2   
[7] tools_3.1.2

我正在努力隔离哪些变量在交互时导致特定失败。（更新：没有特定的预测器，它只是超过阈值的预测器数量由物种数量决定）

我有一个错误，它似乎是 R 中“caper”包的内部错误。确切的错误是：

Error in if (any(stRes > robust)) { : missing value where TRUE/FALSE needed

Where the error occurs on this line of code:
crunchMod <- crunch(f, data = contrasts)

使用下面的 7 个预测变量，dataSet1.txt我发现回归与和完美配合。使用下面的 12 个预测变量，我发现只有“）”有效并且两者都有效并产生上面的错误。这是重现我的错误所需的最少代码：))^2)^3dataSet2.txt)^2)^3

library(caper)
library(ape)

setwd("Your_Directory")
caperDS <- read.table("dataSet1.txt", header = TRUE) #Also include "dataSet2.txt"

myTrees = read.nexus("Tree1.tre") #Also include "Tree2.tre"

contrasts <- comparative.data(myTrees, caperDS, Species)
f <- as.formula(paste(paste(names(caperDS)[2],"~"), paste(paste("(",paste(names(caperDS)[3:ncol(caperDS)], collapse="+"))),")^3")) #Vary this between ")", ")^2" and ")^3"
crunchMod <- crunch(f, data = contrasts)
print(summary(crunchMod))

由于占用的空间，我已经编辑了我之前提供的数据。由于现在很明显这个错误是一个普遍问题（见下文），您可以在http://cran.r-project.org/web/packages/caper/vignettes/caper.pdf中找到要检查的数据集

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1 回答 1

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好的，所以我做了很多实验，答案几乎可以肯定是我在 crunch() 函数中放入了太多的预测变量，它“坏了”。它可以接受的预测变量的数量取决于数据集中有多少受试者。

我得出这个结论是因为我删除了哪些预测变量并不重要。随机删除一些就足够了。但是，我不明白为什么 crunch() 函数会在这种情况下产生错误，而不是和平退出（假设行为是有意的）。如果有人可以在评论/后续答案中进一步详细说明，我将不胜感激。

于 2015-02-05T01:25:35.423 回答