r - 加载包 pi0。一个问题

Question

我正在尝试使用具有依赖关系的包 pi0 ( http://cran.r-project.org/web/packages/pi0/pi0.pdf ) 以创建从 inside-r 报告的 t.test 矩阵。组织。

加载我得到的包：

库 ('pi0') loadNamespace 中的错误 (j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]])：没有名为 'qvalue' 的包错误：“pi0”的包或命名空间加载失败</p>

运行此代码：

set.seed(9992722)
dat=matrix(rnorm(30),3,10)
(pvals=matrix.t.test(dat,1,5,5)) # [1] 0.2112825 0.8366920 0.2891014
(pvals2=apply(dat,1,function(xx)t.test(xx[1:5],xx[6:10],var.equal=TRUE)$p.val))
all.equal(pvals,pvals2) ## TRUE

我得到：

错误：找不到函数“matrix.t.test”

你有什么解决办法吗？

Answer 1

包pi0导入包qvalue。不幸的是，该软件包qvalue已从 CRAN 存储库中删除。因此，您在尝试加载pi0包时会收到错误消息。

从DESCRIPTION文件pi0：

导入：Matrix (>= 1.0-0), numDeriv, limSolve (>= 1.5.2), rgl, scatterplot3d, qvalue , Iso(>= 0.0-5), quadprog (>= 1.5-3), kernlab

该软件包qvalue现在可从 Bioconductor 获得。您可以使用以下命令来安装此软件包。

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("qvalue")

现在，您可以加载包pi0，您的代码将毫无问题地运行。

library(pi0)