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我想在这篇文章的开头说我是 R 和生物信息学编码的新手，我非常感谢这个知识渊博的社区提供的一些意见。我对下面发布的代码的目标是生成饼图，显示 BLAST 结果中每种蛋白质的氨基酸丰度。我从 UniProt 上传了一个 csv 文件，将其转换为矩阵，并写出下面的代码。我不断收到错误消息：在 AAs[i] = table(strsplit(BLAST_AA_seqs[i], "", useBytes = TRUE)) 中：要替换的项目数不是替换长度的倍数。第 8 列是包含氨基酸序列的输出列。提前致谢！

mydata=read.table("CDPKbeta_BLAST_results.csv",header=TRUE,sep=",")
mydata=as.matrix(mydata)

AAs=c()
BLAST_AA_seqs=c()
for(i in 1:nrow(mydata)){
  print(i)
  BLAST_AA_seqs[i]=mydata[i,8]
  AAs[i]=table(strsplit(BLAST_AA_seqs[i],"", useBytes=TRUE))
  pie(AAs, col=rainbow(length(AAs)), main="Residue abundance")
  }
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1 回答 1

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lal<-c()
lal[1]=table(strsplit("", "", useBytes = T))

空字符串是问题（BLAST_AA_seqs[i] 是空字符串）

于 2014-12-02T09:01:47.717 回答