r - ggbiplot - 如何不使用图中的特征向量

Question

我有一个数据集data$cell_line.sva，它的暗淡为 313 11875。

cc.pca <- prcomp(data$cell_line.sva, center = TRUE, scale. = TRUE, retx = TRUE) 
g <- ggbiplot(cc.pca, obs.scale = 1, var.scale = 1, groups = as.factor(cgpResponse), ellipse = TRUE, circle = FALSE)

如何摆脱功能名称？（红色文字）

Answer 1

我不能只发表评论，因为我还没有必要的声誉点，但是通过设置var.axes为 false 可以很容易地删除箭头和名称：

ggbiplot(wine.pca, obs.scale = 1, var.scale = 1, 
         groups = wine.class, ellipse = TRUE, 
         circle = TRUE, var.axes=FALSE)

Answer 2

您需要使用 varname.size 参数来执行此操作。

使用文档中的示例：

data(wine)
wine.pca <- prcomp(wine, scale. = TRUE)
print(ggbiplot(wine.pca, obs.scale = 1, var.scale = 1, 
               groups = wine.class, ellipse = TRUE, circle = TRUE))

然后添加 varname.size 参数：

print(ggbiplot(wine.pca, obs.scale = 1, var.scale = 1, 
               groups = wine.class, ellipse = TRUE, circle = TRUE,
               varname.size=0)) #set it to zero

你有你想要的！

Answer 3

我无法完全弄清楚这将如何产生有用的结果，但无论如何都可以。这些名称不是该函数允许您通过参数设置抑制的东西，至少在我阅读代码和帮助页面时是这样。因此，查看代码看起来好像因子的标签是从 prcomp 对象的 $rotations 元素中提取的。尝试将这些名称全部设置为空白字符会产生错误，因此我通过设置不同长度的空白值来成功。

data(wine)    # need a reproducible example so use the help page 
 wine.pca <- prcomp(wine, scale. = TRUE)
print(ggbiplot(wine.pca, obs.scale = 1, var.scale = 1, groups = wine.class, ellipse = TRUE, circle = TRUE))
# that was the equivalent of your plot
# Now change the input value

dimnames(wine.pca$rotation)[[1]] <- 
   Reduce(function(x,y) paste0(x,y),    # function to concatentate the lanks
          rep(" ",dim(wine.pca$rotation)[1]),   # corrrect number of blanks
           acc=TRUE)                    # save all intermediate strings
 print(ggbiplot(wine.pca, obs.scale = 1, var.scale = 1, groups = wine.class, 
        ellipse = TRUE, circle = TRUE))
 #Look, Ma! No labels

Answer 4

好的，所以我以一种非常粗暴的方式来完成这项工作。

    print(ggbiplot(wine.pca, obs.scale = 1, var.scale = 1,
           groups = wine.class, ellipse = TRUE, circle = TRUE,
           varname.size=0, varname.adjust = 20))

它只是将变量名称的偏移量设置为超出绘图限制。