python - 将相同的命令应用于多个子目录中的多个文件

Question

我有一个包含 94 个子目录的目录，每个子目录包含一个或两个文件*.fastq。我需要对这些文件中的每一个应用相同的 python 命令并生成一个新文件qc_*.fastq。

我知道如何将 bash 脚本单独应用于每个文件，但我想知道是否有办法编写 bash 脚本来一次将命令应用于所有文件

Answer 1

使用查找：

find . -type f -iname "*.fastq" -exec python script {} \;

.: 最顶层目录

-type f: 只有文件

-iname "*.fastq": 文件名结尾.fastq（不区分大小写）

-exec python script：要执行的命令。

Answer 2

您可以尝试find . -name "*.fastq" | xargs your_bash_script.sh，它用于find获取所有文件并将您的脚本应用于每个文件。