第一次发帖,所以我对我违反的任何发帖禁忌表示歉意。
我在这里按照安装说明进行操作:http ://web.stanford.edu/~hastie/glmnet/glmnet_alpha.html有一个小例外:我已经获得了一个 tar 球,并且正在从本地目录而不是 cran 镜像安装。(我都尝试过)
我正在使用我没有 sudo 访问权限的共享 unix 环境。
在 R 中使用此命令install.packages("full/path_to_tar/glmnet_1.9-8.tar.gz", "full/path_to_local_libs/R_libs")
会导致以下错误:
installing *source* package ‘glmnet’ ...
This package requires a fortran 90 compiler. We assume
that your fortran 90 environment is set up appropriately.
Reference: Section on 'Using F95 code' in R-exts manual.
R_HOME is /usr/pkgs/R/2.12.0/lib64/R
R configured for gfortran...
configure: creating ./config.status
config.status: creating src/Makevars
** libs
gfortran -fdefault-real-8 -ffixed-form -fpic -g -O -c glmnet5.f90 -o glmnet5.o
makeList item: gfortran: Command not found
我参考了参考资料,发现更新我的 PATH 以使用gcc.4.8.1
可以缓解这个问题。我这样做了。
重试相同的命令会导致以下结果:
installing *source* package ‘glmnet’ ...
This package requires a fortran 90 compiler. We assume
that your fortran 90 environment is set up appropriately.
Reference: Section on 'Using F95 code' in R-exts manual.
R_HOME is /usr/pkgs/R/2.12.0/lib64/R
R configured for gfortran...
configure: creating ./config.status
config.status: creating src/Makevars
** libs
gfortran: error: unrecognized command line option ‘-rpath=/usr/pkgs/X11/R7.3-64/lib:[...]:/usr/pkgs/R/2.12.0/lib’
make: *** [glmnet.so] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘glmnet’
我知道这-rpath
是一个有效的gcc
选项,但我不确定为什么将-rpath
选项传递给gfortran
,或者为什么它因此失败。
任何建议都会非常有帮助!