r - 在密度2d中计算密度估计？

Question

关于密度 2d 背后的原理，我有一个更普遍的问题。我正在使用 ggplot 和 density2d 函数来可视化动物的运动。我的想法是计算热图，显示动物大部分时间的位置和/或识别特别感兴趣的区域。然而， density2d 函数有时会产生相当莫名其妙的图。

这就是我的意思：

set.seed(4)
x<-runif(50,1,599)
y<-runif(50,1,599)
df<-data.table(x,y)

ggplot(df,aes(x=x,y=y))
+stat_density2d(aes(x=x,y=y,fill=..level..,alpha=..level..),bins=50,geom="polygon")
+coord_equal(xlim=c(0,600),ylim=c(0,600))
+expand_limits(x=c(0,600),y=c(0,600))
+geom_path()

看起来像这样：

有些区域有密度估计但没有数据（大约 x:50，y:300）。

现在比较一下：

set.seed(13)
x<-runif(50,1,599)
y<-runif(50,1,599)
df<-data.table(x,y)

ggplot(df,aes(x=x,y=y))
+stat_density2d(aes(x=x,y=y,fill=..level..,alpha=..level..),bins=50,geom="polygon")
+coord_equal(xlim=c(0,600),ylim=c(0,600))
+expand_limits(x=c(0,600),y=c(0,600))
+geom_path()

看起来像这样：

这里有一些区域“没有”密度估计，但有实际数据（大约 x:100,y:550）。

有人问了一个相关的问题：
Create heatmap with distribution of attribute values in R（不是密度热图）
但是没有找到令人满意的答案。

所以我的问题是（i）为什么？(ii) 如果可能，如何避免/调整？

Answer 1

这可能会有所帮助。我不是很熟悉stat_density2d。在看到您的代码和 ggplot 文档（http://docs.ggplot2.org/0.9.2.1/stat_density2d.html）后，我想..level..可能不是那个。然后，我尝试..density..了有人将能够解释为什么您需要密度，同时我认为这就是您想要的图表。

ggplot(data = df, aes(x = x, y = y)) +
stat_density2d(geom="tile", aes(fill = ..density..), contour = FALSE) +
geom_path() +
coord_equal(xlim=c(0,600),ylim=c(0,600)) +
expand_limits(x=c(0,600),y=c(0,600))