bioperl - BioPerl：提取 CDS 错误

Question

我正在尝试使用 BioPerl 从 GenBank 文件中提取 CDS 和相应的氨基酸序列。脚本如下所示：

while (my $seq_object = $in->next_seq){
for my $feat_object ($seq_object->get_SeqFeatures) {
    if ($feat_object ->primary_tag eq "CDS") {
    #   warn("all tags are ", join ("," , $feat_object->get_all_tags),"\n");        
        if ($feat_object->has_tag ("protein_id")){
            my ($protein_id) = $feat_object->get_tag_values('protein_id');
            my ($pseq) = $feat_object->get_tag_values('translation') ;
            my ($pepseq) = Bio::Seq->new(-id => $protein_id , -description => $seq_object -> accession_number,
                -seq => $pseq);
            $out->write_seq($pepseq);   
        }
    }
}

}

我收到错误消息：Filehandle GEN1 opens only for input at /Library/Perl/5.12/Bio/Root/IO.pm line 533, line 148。

请帮我解决这个问题。

提前致谢

Answer 1

我将其添加为答案，因为它可能是错误的根源。创建Bio::SeqIO输出对象时，您必须遵循正常的 Perl 规则open并指定文件用于输出。因此，请尝试以下操作：

my $out = Bio::SeqIO->new( -file => ">Oct_test.fasta", -format => 'fasta');

这是一件很容易忘记的事情，错误消息可能更具描述性。