r - 具有自定义截止值的 pROC R 包？

Question

我可以使用一些预先指定的截止值（阈值）来绘制带有pROC包的 ROC 曲线吗？例如，我可以输入控制/案例值和我自己的阈值点来计算相应的敏感性和特异性吗？

Answer 1

这不再是 ROC 曲线

为了解决您在我的其他答案中的评论（但不回答您的问题，正如我上面评论的那样无法回答），我可以给您一种方法来做您想做的事。请不要在任何情况下将此称为 ROC 曲线：它不是！请根据本练习的目的（你从未解释过）自己想出一个描述性的名称。

你可以间接地做你想做的事pROC：计算所有阈值的 ROC，提取你想要的坐标：并使用梯形函数完成。

library(pROC)
data(aSAH)
my.cutoff <- c(0.6, 1, 1.5, 1.8)
roc.obj <- roc(aSAH$outcome, aSAH$s100b)
like.coordinates <- coords(roc.obj, c(-Inf, sort(my.cutoff), Inf), input="threshold", ret=c("specificity", "sensitivity"))

现在您可以将结果绘制为：

plot(like.coordinates$specificity, like.coordinates$sensitivity, xlim=c(1, 0), type="l")

并计算AUC，例如使用trapzpackage 中的函数caTools：

library(caTools)
trapz(like.coordinates$specificity, like.coordinates$sensitivity)

再一次，您没有绘制 ROC 曲线，并且您计算的 AUC 不是 ROC 曲线。

Answer 2

看看?plot.roc。

假设您有：

my.cutoff <- 0.6

然后你可以这样做：

library(pROC)
data(aSAH)
plot.roc(aSAH$outcome, aSAH$s100b, print.thres = my.cutoff)