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R version 3.1.0 (2014-04-10)
lmer package version 1.1-6
lmerTest package version 2.0-6

我目前正在使用 lmer 和 lmerTest 进行分析。每次我在随机结构中添加效果时，在运行 summary() 时都会出现以下错误：

#Fitting a mixed model: 
TRT5ToVerb.lmer3 = lmer(TRT5ToVerb ~ Group + Condition + (1+Condition|Participant) + (1|Trial), data=AllData, REML=FALSE, na.action=na.omit)
summary(TRT5ToVerb.lmer3)
 Error in `colnames<-`(`*tmp*`, value = c("Estimate", "Std. Error", "df",  : length of 'dimnames' [2] not equal to array extent

如果我离开这样的结构：

TRT5ToVerb.lmer2 = lmer(TRT5ToVerb ~ Group + Condition + (1|Participant) + (1|Trial),  data=AllData, REML=FALSE, na.action=na.omit)

没有错误运行摘要（TRT5ToVerb.lmer2），返回AIC，BIC，logLik偏差，随机效应的估计，固定效应的估计及其对应的p值等，等等。

因此，尽管对象 TRT5ToVerb.lmer3 存在，但显然在我运行 lmerTest 时发生了一些事情。两者的唯一区别是随机结构：(1+Condition|Participant) vs. (1|Participant)

我的数据的一些特征：

  1. Condition 和 Group 都是分类变量：Condition 包含 3 个级别，Group 2
  2. 因变量 (TRT5ToVerb) 是连续的：它对应于以 ms 为单位的读取时间
  3. 这是一个重复测量实验，每个参与者有 48 次观察（参与者 = 28）

我读过这个威胁，但我看不到明确的解决方案。是不是我必须将我的数据框转换为长格式？如果是这样，那么我如何在 lmer 中使用它？我希望不是这样。

谢谢！

免责声明：我既不是 R 专家，也不是统计学专家，所以请耐心等待。

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1 回答 1

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（应该是评论，但太长/代码格式等）

这个假的例子似乎适用于 lmerTest 2.0-6 和 lme4 的开发版本（1.1-8；但我不希望这个例子与 1.1-6 有任何相关差异......）

AllData <- expand.grid(Condition=factor(1:3),Group=factor(1:2),
                  Participant=1:28,Trial=1:8)
form <- TRT5ToVerb ~ Group + Condition + (1+Condition|Participant) + (1|Trial)
library(lme4)
set.seed(101)
AllData$TRT5ToVerb <- simulate(form[-2],
               newdata=AllData,
               family=gaussian,
               newparam=list(theta=rep(1,7),sigma=1,beta=rep(0,4)))[[1]]
library(lmerTest)
lmer3 <- lmer(form,data=AllData,REML=FALSE)
summary(lmer3)

产生：

Linear mixed model fit by maximum likelihood  ['merModLmerTest']
Formula: TRT5ToVerb ~ Group + Condition + (1 + Condition | Participant) +  
    (1 | Trial)
   Data: AllData

     AIC      BIC   logLik deviance df.resid 
  4073.6   4136.0  -2024.8   4049.6     1332 

Scaled residuals: 
     Min       1Q   Median       3Q      Max 
-2.97773 -0.65923  0.02319  0.66454  2.98854 

Random effects:
 Groups      Name        Variance Std.Dev. Corr     
 Participant (Intercept) 0.8546   0.9245            
             Condition2  1.3596   1.1660   0.58     
             Condition3  3.3558   1.8319   0.44 0.82
 Trial       (Intercept) 0.9978   0.9989            
 Residual                0.9662   0.9829            
Number of obs: 1344, groups:  Participant, 28; Trial, 8

Fixed effects:
              Estimate Std. Error         df t value Pr(>|t|)
(Intercept)    0.49867    0.39764   12.40000   1.254    0.233
Group2         0.03002    0.05362 1252.90000   0.560    0.576
Condition2    -0.03777    0.22994   28.00000  -0.164    0.871
Condition3    -0.27796    0.35237   28.00000  -0.789    0.437

Correlation of Fixed Effects:
           (Intr) Group2 Cndtn2
Group2     -0.067              
Condition2  0.220  0.000       
Condition3  0.172  0.000  0.794
于 2014-07-14T15:06:29.077 回答