r - 对于特定情况，R 中的 outer() 函数出错

Question

我有一个尺寸为 942*50 的矩阵 X。我想用高斯 RBF 内核创建一个亲和矩阵。即，对于 X 矩阵中的每一对行，我想计算 exp(-sigma*norm(x_i-x_j)^2) 其中 x_i 和 x_j 是 X 矩阵的行，并且 i,j 从 1:nrow( X）。我正在用 R 编写代码。下面的 R 代码会引发错误：

library('kernlab')
rbf <- rbfdot(sigma=15.0563)
func <- function(i,j){return(rbf(X[i,],X[j,]))}
rows <- cols <- 1:nrow(X)
outer(rows,cols,FUN=func)

我收到以下错误：外部错误（行，列，乐趣 = 乐趣）：暗淡 [产品 887364] 与对象的长度不匹配 [2500]

Answer 1

Outer 需要一个矢量化函数（请参阅 参考资料?outer）。因此，您的代码应该是：

library('kernlab')
rbf<-rbfdot(sigma=15.0563)
func<-Vectorize(function(i,j){return(rbf(X[i,],X[j,]))})
rows<-1:nrow(X)
cols<-1:nrow(X)
outer(rows,cols,FUN=func)