output - 检测目标区域内或外部的 BLAST 匹配

Question

在那里，我将从目标序列位点取出一段 DNA 序列，用它来对基因组进行爆炸。然后从爆炸结果输出中，我想知道除了匹配目标站点之外，是否还有来自其他区域的匹配序列。如何从 BLAST 输出中知道？基因组位点有什么指标吗？谢谢

Answer 1

• 您可以检查具有 100% 匹配（或其他截止）的区域的爆炸输出。
• 然后检查匹配区域是否接近查询序列的总长度。
• 如果您有不止一次通过这些参数，那么您可以通过检查匹配的支架以及匹配区域的开始和结束坐标来确定它们是否匹配您基因组的不同区域。