python - BioPython 提交多个在线爆料

Question

是否可以同时向 Bio.Blast.NCBIWWW 模块提交多个序列？我试图创建一个运行我的爆炸的函数并让其中几个使用多处理运行，但我认为 NCBI 服务器会在一段时间后启动我并且连接停止工作。

Answer 1

我不知道 NCBI 对他们的服务有什么样的限制，但您可能想考虑在本地安装 BLAST 并以这种方式运行您的查询。Biopython 支持本地 BLAST：http ://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html#sec96

Answer 2

在这里，他们详细说明了如何正确使用它：

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/Doc/node60.html

• 不要启动超过 50 个线程。
• 在开始下一个之前等待 BLAST 的 RID。

淹没服务器可能会导致许多问题，最终我们可能会被迫阻止来自那些在没有警告的情况下淹没服务器的站点的访问。我们强烈建议您限制脚本在从服务器收到 RID 之前不发送请求。或者，请在您的脚本中引入一个“睡眠”命令，该命令每三秒发送一次请求不少于一次。

Biopython 会为您等待 RID，但如果您启动多个查询，您肯定会被禁止。