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我对 Smacof 包中的 smacofSym 函数有疑问。我正在使用 R 版本 3.1.0 到 RStudio 版本 0.98.501。

我正在使用以下命令：

MDSdata <- smacofSym(DJaccardMatrix, ndim=2, metric=FALSE, verbose=TRUE).

我在下面包含了我正在使用的数据（DJaccardMatrix）的详细信息。每次我运行 smacofSym 时，我都会得到一个配置，其中最终配置就在彼此之上。以下是结果示例：

MDSdata$conf
         D1          D2
1    0.06259624 -0.01494732
2    0.06276541 -0.01480409
3    0.06266933 -0.01492375
4    0.06262438 -0.01496111
5    0.06243336 -0.01496193
6    0.06258047 -0.01502270
7    0.06247747 -0.01500037 .......

为了检查结果，我在 XLStat 上运行了相同的矩阵并得到了我所期望的，一组分布更广的点。在查看了其他一些帮助请求后，我尝试将 smacofSym 作为矩阵和 dist 运行，但两者都没有影响结果。

这是我关于 DJaccardMatrix 作为矩阵的信息：

num [1:121, 1:121] 0 0.969 0.679 0.704 0.939 ...
attr(*, "dimnames")=List of 2 
..$ : chr [1:121] "1" "2" "3" "4" ...
..$ : chr [1:121] "1" "2" "3" "4" ...

这是我关于 DJaccardMatrix 作为 dist 对象的信息：

Class 'dist'  atomic [1:7260] 0.969 0.679 0.704 0.939 0.8 ...
  ..- attr(*, "Size")= int 121
  ..- attr(*, "call")= language as.dist.default(m = dissmat)
  ..- attr(*, "Diag")= logi FALSE
  ..- attr(*, "Upper")= logi FALSE

我很感谢人们提出的任何建议。我假设它是非常基本的东西，但我绝对找不到它。（附带说明 - 随意忽略这一点，因为它涉及解释 - smacof 报告的非度量压力与 Kruskal 的压力之间有什么关系？有吗？）

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1 回答 1

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这个答案涉及您最后括号中的附带问题：“smacof 报告的非度量压力与 Kruskal 的压力之间有什么关系”

stress.nmKruskal 应力（或 Stress-1）是由报告的非度量应力 ( ) 的平方根smacof。

所以，如果你有一个mod通过运行获得的模型smacofSym：

Stress-1 = mod$stress.nm^.5

于 2014-12-08T16:47:42.720 回答