indexing - 爆炸数据库索引错误

Question

运行 tblastn 时收到以下错误消息

tblastn -query ~/seq.fa -out ~/seq.out -db ~/blast/ncbi-blast-2.2.29+/db/nr -num_alignments 20000 BLAST 数据库错误：找不到核苷酸数据库的别名或索引文件 [ ~/blast/ncbi-blast-2.2.29+/db/nr] 在搜索路径 [~/blast/ncbi-blast-2.2.29+/bin::/directory/path/to/blast/databases:]

在 /db 中，所有从 00 到 16 的 nr 文件都有扩展名为 phd、phi、phr、pin、pnd、pni、pgo、ppd、ppi、psd、psi 和 psq 的 nr 文件，即 nr.00.phr等等

如果索引文件是 db 文件夹中的这些文件之一，为什么 blast 找不到它们？

nr 是否包含代表性基因组，因为这是我想要使用的？

微生物数据库怎么样？

非常感谢

Answer 1

Blast 找不到 nr 数据库，因为它正在查找名为 nr.phd、nr.phi 等的文件...如果您创建一个名为nr.palin的文件，~/blast/ncbi-blast-2.2.29+/db/其中包含以下内容：

TITLE nr database
DBLIST  nr.00 nr.01 nr.02 nr.03 nr.04 nr.05 nr.06 nr.07 nr.08 nr.09 nr.10 nr.11 nr.12 nr.13 nr.14 nr.15 nr.16

你的命令应该有效。让我知道进展如何......祝你好运，保罗