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我已经编写了一整套生物信息学分析。（https://github.com/iontorrent/TS）它有很多依赖项（犰狳、blas、lapack、atlas 等）。

在编译时我没有错误。问题是创建的某些可执行文件无法正常工作，并在没有任何其他信息的情况下抛出Illegal Instruccion 。我在 CentOS 5.6 上使用 GCC 4.8.2。

我想知道如何调试这些可执行文件，以便检查系统中哪个库或代码有问题。

./tvc
tvc 4.0-7 () - Torrent Variant Caller

Illegal instruction

我认为问题在于 LAPACK/BLAS/CBLAS。我对如何从源代码构建 LAPACK/BLAS 和 CBLAS 感到非常困惑。（在 Centos 5 中 LAPACK/BLAS 的 rpm 版本已过时，此软件套件需要 LAPACK 3.2.1）。我知道如何编译 LAPACK 和 BLAS，我不知道如何安装 CBLAS。

谢谢你。

编辑：

提供这个分析套件的人还提供了一个预装了 Ubuntu 和所有软件的虚拟机。

我看了一下他们的 gcc 版本和配置：

gcc -v Using built-in specs. Target: x86_64-linux-gnu Configured with: ../src/configure -v --with-pkgversion='Ubuntu 4.4.3-4ubuntu5.1'
--with-bugurl=file:///usr/share/doc/gcc-4.4/README.Bugs --enable-languages=c,c++,fortran,objc,obj-c++ --prefix=/usr --enable-shared --enable-multiarch --enable-linker-build-id --with-system-zlib --libexecdir=/usr/lib --without-included-gettext --enable-threads=posix --with-gxx-include-dir=/usr/include/c++/4.4 --program-suffix=-4.4 --enable-nls --enable-clocale=gnu --enable-libstdcxx-debug --enable-plugin --enable-objc-gc --disable-werror --with-arch-32=i486 --with-tune=generic --enable-checking=release --build=x86_64-linux-gnu --host=x86_64-linux-gnu --target=x86_64-linux-gnu Thread model: posix gcc version 4.4.3 (Ubuntu 4.4.3-4ubuntu5.1)

我的 GCC 配置：

Configured with: ../configure --prefix=/share/apps/local/gcc/4.8.2 --with-mpfr=/share/apps/local/gcc/4.8.2 --with-gmp=/share/apps/local/gcc/4.8.2 --with-as=/share/apps/local/binutils/2.24/bin/as --enable-languages=c,c++,fortran
Thread model: posix
gcc version 4.8.2 (GCC)
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有几种可能性；但要解决它，请按照说明在调试器中运行程序

$ gdb ./tvc

从调试器运行程序。注意：(gdb) 是提示符

(gdb) run

这应该抛出非法指令；从这里跑

(gdb) bt full

这将告诉您非法指令发生在哪里。

于 2014-05-24T23:53:59.997 回答
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可能是您使用与您的 CPU 不兼容的代码生成编译器设置编译它。或者您链接到一些针对其他 cpu 优化的库。特别是数字库通常有特殊的构建来使用 CPU 的所有功能。例如，如果您使用构建为使用 SSE4 指令的库，但您的 CPU 有点旧，则可能会引发此错误。

因此，请仔细阅读您的 CPU 可以使用哪个 lapack 或 blas 库。可能你必须为你的cpu重新编译它。

于 2014-03-17T12:48:17.753 回答
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“我想知道如何调试那些可执行文件，”

首先在调试器中运行它。（这就是为什么它被称为调试器；它可以帮助您调试可执行文件）。

当程序因“非法指令”而失败时，调试器将能够向您显示失败的位置，并提供有关原因的更多信息。

于 2014-03-17T12:30:31.900 回答