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我正在开展一个项目，该项目涉及使用来自 PubMed 的数据来查找 MeSH 术语和它们提到的文章之间的联系。我为它构建的 Neo4j 数据库包含约 1100 万个节点和约 1 亿个关系，我正在经历非常缓慢很多情况下的查询时间（30 分钟或更长），包括简单的查询"Match (a:MeSHTerm)<-[:Mentions]-(b:Article) WHERE a.name="Calcimycin" RETURN b"（即仅查找与名称为 Calcimycin 的节点有提及关系的所有节点）。这一切都是在运行 Ubuntu 12.04 的大学刀片上完成的，RAM 数量非常有限（根据 free 命令，3G 的 RAM，其中 2 个被 neo4j 以外的应用程序使用）。现在，包装器配置将最小 java 堆大小设置为 16mb，最大设置为 64mb（尽管 neo4j 运行时使用的内存与不运行时的内存差异为 1G；任何关于 GB 其余部分在哪里的解释用过的？）。

  1. 我不确定在不插入交换文件的情况下我可以扩展多少堆大小，因为 free 告诉我在 neo4j 运行时我正在使用所有可用的 RAM 并且
  2. 如果我们需要扩展为具有更多 RAM 的更强大的系统以获得合理的查询时间。任何建议都将不胜感激，我很乐意尽我所能澄清，尽管我对使用 Ubuntu 还是很陌生。

更新：在标签 MeSHTerm 上添加索引后，基于 100 次随机查询测试，查询时间已提高到平均约 11 秒。还有什么我可以做的吗？我很想把它降低到亚秒级，因为这最终将成为一个基于网络的工具。

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因为你没有提到你有一个索引

:`MeSH Term`(name)

我将建议您创建一个：

CREATE INDEX ON :`MeSH Term`(name);

另外，我建议您避免在标签中使用空格。

于 2014-03-13T18:54:07.907 回答