这篇文章解决了用于此计算的各种基本 R 方法的时间安排。这篇文章的灵感来自对这篇文章的评论和@josilber 在帖子中对 Jake Burkhead 发布的最快方法的评论。
下面,使用多种方法来计算随机游走。为此,每个函数提取 1000 个 1 或 -1 值,fnc
如下所述。计时测试microbenchmark
对每种方法使用 1000 次重复。
fnc <- function(n) sample(c(1L, -1L), n, replace=TRUE)
library(microbenchmark)
microbenchmark(all=cumsum(fnc(1000L)),
reduce=Reduce("+", fnc(1000L), accumulate=TRUE),
laplyRpCln=cumsum(unlist(lapply(rep.int(1L, 1000L), fnc))),
laplyRpAn=cumsum(unlist(lapply(rep.int(1L, 1000L), function(x) fnc(1L)))),
laplySqAn=cumsum(unlist(lapply(seq_len(1000L), function(x) fnc(1L)))),
saplyRpCln=cumsum(sapply(rep.int(1L, 1000L), fnc)),
saplyRpAn=cumsum(sapply(rep.int(1L, 1000L), function(x) fnc(1L))),
saplySqAn=cumsum(sapply(seq_len(1000L), function(x) fnc(1L))),
vaplyRpCln=cumsum(vapply(rep.int(1L, 1000L), fnc, FUN.VALUE=0)),
vaplyRpAn=cumsum(vapply(rep.int(1L, 1000L), function(x) fnc(1L), FUN.VALUE=0)),
vaplySqAn=cumsum(vapply(seq_len(1000L), function(x) fnc(1L), FUN.VALUE=0)),
replicate=cumsum(replicate(1000L, fnc(1L))),
forPre={vals <- numeric(1000L); for(i in seq_along(vals)) vals[i] <- fnc(1L); cumsum(vals)},
forNoPre={vals <- numeric(0L); for(i in seq_len(1000L)) vals <- c(vals, fnc(1L)); cumsum(vals)},
times=1000)
这里,
- "all" 使用了 Jake Burkhead 的建议,
cumsum
一次全部提取样本。
- “减少”立即提取样本,但用于
Reduce
执行求和。
- laplyRpCln 使用
lapply
andunlist
返回一个向量并遍历 1 的 1000 个实例,直接按名称调用该函数。
- laplyRpAn 的不同之处在于使用匿名函数。
- laplySqAn 使用匿名函数并使用
seq
而不是创建迭代变量rep
。
- saplyRpCln, laplyRpAn, laplySqAn 与 laplyRpCln 等相同,只是它
sapply
被调用而不是lapply
/ unlist
。
- vaplyRpCln 等与 laplyRpCln 等相同,
vapply
只是用于代替lapply
/ unlist
。
- 复制是对 的调用
replicate
,其中默认为简化=真。
- forPre 使用一个
for
循环来预先分配向量并填充它。
- forNoPre 使用一个
for
循环来创建一个空numeric(0)
向量,然后用于c
连接到该向量。
这返回
Unit: microseconds
expr min lq mean median uq max neval cld
all 25.634 31.0705 85.66495 33.6890 35.3400 49240.30 1000 a
reduce 542.073 646.7720 780.13592 696.4775 750.2025 51685.44 1000 b
laplyRpCln 4349.384 5026.4015 6433.60754 5409.2485 7209.3405 58494.44 1000 c e
laplyRpAn 4600.200 5281.6190 6513.58733 5682.0570 7488.0865 55239.04 1000 c e
laplySqAn 4616.986 5251.4685 6514.09770 5634.9065 7488.1560 54263.04 1000 c e
saplyRpCln 4362.324 5080.3970 6325.66531 5506.5330 7294.6225 59075.02 1000 cd
saplyRpAn 4701.140 5386.1350 6781.95655 5786.6905 7587.8525 55429.02 1000 e
saplySqAn 4651.682 5342.5390 6551.35939 5735.0610 7525.4725 55148.32 1000 c e
vaplyRpCln 4366.322 5046.0625 6270.66501 5482.8565 7208.0680 63756.83 1000 c
vaplyRpAn 4657.256 5347.2190 6724.35226 5818.5225 7580.3695 64513.37 1000 de
vaplySqAn 4623.897 5325.6230 6475.97938 5769.8130 7541.3895 14614.67 1000 c e
replicate 4722.540 5395.1420 6653.90306 5777.3045 7638.8085 59376.89 1000 c e
forPre 5911.107 6823.3040 8172.41411 7226.7820 9038.9550 56119.11 1000 f
forNoPre 8431.855 10584.6535 11401.64190 10910.0480 11267.5605 58566.27 1000 g
请注意,第一种方法显然是最快的。接下来是一次提取完整样本,然后Reduce
用于执行求和。在*apply
函数中,“干净”的版本,直接使用函数的名称,性能似乎有小幅提升,lapply
版本似乎与 相当vapply
,但考虑到取值范围,这个结论并不完全直截了当。sapply
似乎是最慢的,尽管函数调用的方法支配了*apply
函数的类型。
两个for
循环的表现最差,预分配for
循环的表现优于for
增长的循环c
。
在这里,我在 openSuse 42.1 上运行 3.4.1 的补丁版本(大约 2017 年 8 月 23 日补丁)。
如果您发现任何错误,请告诉我,我会尽快修复它们。感谢 Ben Bolker 促使我进一步研究最终功能,在那里我发现了一些错误。