6

kmeans对于 R {stats}，我的 Ubuntu 机器的性能很糟糕，而 Windows 7 则没有问题。

X是一个 5000 x 5 矩阵（数值变量）。
k= 6

我的台式机是 Intel Xeon CPU W3530 @ 2.80GHz x 8（即 8 核）Dell Precision T3500，带有 Ubuntu 12.04.4 LTS（GNU/Linux 3.2.0-58-generic x86_64）和 24 GB RAM。

R 版本 3.0.2 (2013-09-25) -- "Frisbee Sailing" Copyright (C) 2013 The R Foundation for Statistical Computing Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

> system.time(X.km <- kmeans(X, centers=k, nstart=25))
   user  system elapsed
 49.763  52.347 103.426

与配备 Intel Core i5-2430M @ 2.40GHz、2 核、8 GB RAM、R 3.0.1 和相同数据的 Windows 7 64 位笔记本电脑相比：

> system.time(X.km <- kmeans(X, centers=k, nstart=25))

   user  system elapsed
   0.36    0.00    0.37

快得多，快得多。对于nstart=1问题仍然存在，我只是想放大执行时间。

我有什么明显的遗漏吗？

自己尝试一下，看看你达到了多少：

set.seed(101)
k <- 6
n <- as.integer(10)
el.time <- vector(length=n)
X <- matrix(rnorm(25000, mean=0.5, sd=1), ncol=5)
for (i in 1:n) {  # sorry, not clever enough to vectorise
    el.time[i] <- system.time(kmeans(X, centers=k, nstart=i))[[3]]
}
print(el.time)
plot(el.time, type="b")

我的结果（ubuntu机器）：

> print(el.time)  
  [1] 0.056 0.243 0.288 0.489 0.510 0.572 0.623 0.707 0.830 0.846

Windows机器：

> print(el.time)
 [1] 0.01 0.12 0.14 0.19 0.20 0.21 0.22 0.25 0.28 0.30
4

2 回答 2

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您是否在虚拟机中运行 Ubuntu？如果是这种情况，我可以看到结果要慢得多 - 取决于为 VM 分配了多少内存、处理器和磁盘空间。如果它不在虚拟机中运行，那么结果令人费解。当您运行它时，我想在两个系统上查看每次运行的性能计数器（cpu 使用情况、内存使用情况等）？否则，我唯一可以链接的是代码“适合”在 Windows 系统的 L1 缓存中，但不适合 Linux 系统。Xeon 有 8GB（L3？）缓存，而 Core i5 只有 3MB——但我假设那是 L3。我不知道 L1 和 L2 缓存结构是什么样的。

于 2014-03-28T22:50:35.837 回答
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我的猜测是这是一个 BLAS 问题。如果这样编译，R 可能会使用内部 BLAS。除此之外，不同的 BLAS 版本可能会表现出显着的性能差异（openBLAS <> MKL）。

于 2020-12-26T01:27:11.550 回答