python - cogent.db.ensembl 食谱的 .getGeneByStableId() 示例返回“ProgrammingError”

Question

我在使用 PyCogent 查询 EnsEMBl 的数据库时遇到错误——这个错误可能是由 EnsEMBL 或 PyCogent 中的更新引起的吗？

当试图重现 PyCogent Cookbook 的 Querying Ensembl文档页面（“选择基因”部分）的代码时，我得到“ProgrammingError”。

这是失败的食谱代码（我指出发生错误的行）：

#!/usr/bin/python
import os

#----------------------------------------------------------
# Interrogating a Genome
#----------------------------------------------------------
from cogent.db.ensembl import HostAccount, Genome
human = Genome(Species='human', Release=Release, account=account)

#----------------------------------------------------------
# Selecting Genes
#----------------------------------------------------------
brca1 = human.getGeneByStableId(StableId='ENSG00000012048') #<--- ERRORS OUT HERE
print brca1.Description   

这是错误：

ProgrammingError: (ProgrammingError) (1146, "Table 'homo_sapiens_variation_74_37.flanking_sequence' doesn't exist") 'DESCRIBE flanking_sequence' ()

额外信息：

• Python 2.7.3
• PyCogent 1.5.1-2
• Ubuntu 12.04
• Ensmbl 版本 74

Answer 1

出现该错误是因为 Ensembl 从版本 70 开始删除了 flanking_seq 数据库。此问题已在 PyCogent github 存储库中修复。