我已经在 Ubuntu 12.04 上成功安装了 MPICH,并且可以让简单的测试 C 程序按预期编译和运行。
现在我正在尝试使用 pip 安装 mpi4py,只需通过pip install mpi4py
. 我第一次执行sudo apt-get build-dep python-mpi4py
,效果很好。
我正在使用 virtualenv,所以这个 mpi4py 安装不使用 sudo(也不应该)。
这是我在冗长的控制台输出看起来像正常编译的东西之后遇到的命令和错误(如果需要,我可以打印所有控制台输出,但我认为其中大部分是标准编译器警告,表明没有问题)。
(local-dev)espears@espears-w:~$ pip install mpi4py
src/ext/mpi_swig.c: In function ‘SWIG_Python_AddErrorMsg’:
src/ext/mpi_swig.c:859:5: error: format not a string literal and no format arguments [-Werror=format-security]
cc1: some warnings being treated as errors
error: command '/usr/bin/mpicc' failed with exit status 1
----------------------------------------
Cleaning up...
Command /home/espears/.virtualenvs/local-dev/bin/python -c "import setuptools, tokenize;__file__='/home/espears/.virtualenvs/local-dev/build/mpi4py/setup.py';exec(compile(getattr(tokenize, 'open', open)(__file__).read().replace('\r\n', '\n'), __file__, 'exec'))" install --record /tmp/pip-5o6OwN-record/install-record.txt --single-version-externally-managed --compile --install-headers /home/espears/.virtualenvs/local-dev/include/site/python2.7 failed with error code 1 in /home/espears/.virtualenvs/local-dev/build/mpi4py
Traceback (most recent call last):
File "/home/espears/.virtualenvs/local-dev/bin/pip", line 11, in <module>
sys.exit(main())
File "/home/espears/.virtualenvs/local-dev/local/lib/python2.7/site-packages/pip/__init__.py", line 185, in main
return command.main(cmd_args)
File "/home/espears/.virtualenvs/local-dev/local/lib/python2.7/site-packages/pip/basecommand.py", line 161, in main
text = '\n'.join(complete_log)
UnicodeDecodeError: 'ascii' codec can't decode byte 0xe2 in position 31: ordinal not in range(128)
但是,which mpicc
给出了预期的结果:/usr/bin/mpicc
如上所述,如果我用它mpicc
来编译简单的 .c 测试程序,它们可以正常工作。
我已经看到一些描述fPIC
用于编译 MPI 的标志选项的链接,但是,我只是使用 apt-get 来安装 MPI,并且特别希望这些工具只依赖本机 Ubuntu 包,而不是维护单独的安装说明来手动构建它们.
如何确定安装过程mpicc
中失败的原因?mpi4py
添加
控制台输出中的以下内容似乎是导致问题的编译命令。
building 'mpi4py._mpi_swig' extension
/usr/bin/mpicc -fno-strict-aliasing -DNDEBUG -g -fwrapv -O2 -Wall -Wstrict-prototypes -g -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Wformat-security -Werror=format-security -fPIC -I/usr/include/python2.7 -c src/ext/mpi_swig.c -o build/temp.linux-x86_64-2.7/src/ext/mpi_swig.o
当我自己从命令行尝试时,这会出现以下错误:
(local-dev)espears@espears-w:~$ /usr/bin/mpicc -fno-strict-aliasing -DNDEBUG -g -fwrapv -O2 -Wall -Wstrict-prototypes -g -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Wformat-security -Werror=format-security -fPIC -I/usr/include/python2.7 -c src/ext/mpi_swig.c -o build/temp.linux-x86_64-2.7/src/ext/mpi_swig.o
gcc: error: src/ext/mpi_swig.c: No such file or directory
gcc: fatal error: no input files
compilation terminated.