r - R heatmap.2 (gplots) 访问树状图数据

Question

在 RI 中，使用 heatmap.2（来自 gplots 包）对一些数据进行聚类和可视化。

我想访问列树状图（集群）以进一步处理我的数据。

例如：

x = matrix(runif(250), nrow= 50) h = heatmap.2(x)

h$colDendrogram 
'dendrogram' with 2 branches and 5 members total, at height 3.033438

有没有办法知道属于第一个分支和属于第二个分支的列的索引（以自动方式；当然在这个简单的情况下，我可能只查看 x 轴上的标签）。

进一步如何访问其他子分支？

Answer 1

可以使用 as.hclust() 函数并将生成的对象视为 R hclust 对象。

对于问题中提出的特定情况，这是访问列树状图的方式：

colhclust = as.hclust(h$colDendrogram)
groups = cutree(cl,2)

groups 是包含每一列的组的向量；

id_g1 = which(groups == 1)

包含属于第一个分支的项目的索引。