我正在尝试使用 blastdbcmd - 当我在 cmd 上键入以下内容时
blastdbcmd -db databaseBLAST -entry_batch -outfmt "%f" -out test_query.txt
弹出以下错误：
Error: Too many positional arguments <1>, the offending value: %f
我输入%f的是 Fasta 格式，即使在互联网上花费了这么多时间来弄清楚，我仍然不知道如何解决这个错误。你能帮我吗？
也许有点晚了，但我认为这可能是 UTF-8 与 ISO-latin 的另一种情况，它找到了一种惹恼的方法：
我在使用不同的查询时遇到了同样的问题blastn，但有问题的值是-db. 我发现这是命令的“-”部分的编码问题。即，如果您从 Mac 或 pdf 中复制粘贴命令，那么对我们来说看起来像“%f”或“-”的东西可能不是。尝试输入所有命令而不是复制粘贴。
你的问题不在于-outfmt论点。它-entry_batch需要一个文件名。此外，您无需指定-outfmt '%f'，因为 Fasta 格式是默认输出。
这是您想要的命令行：
blastdbcmd.exe -db databaseBLAST -entry 'all' -out test_query.txt
保罗
纯粹的猜测：删除引号，加倍%或更可能两者兼而有之。
%f是根据文档的默认值。
就我而言，在复制粘贴命令的一部分后很难发现“-”的相似之处。确保减号是真正的减号！