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我试试这个命令：

Rscript "/Users/test/Scripts/arg_test.R" "path_in=/Users/test/GR/web-app/Rproject/Inputs/Rmerge/Description.csv" path_in2="/Users/test/IdeaProjects/Rproject/Inputs/Rmerge/Template_Auto.csv"

但我有这个错误：解析错误（文本 = args [[i]]）：“path_in = /”中的意外'/'

Rscript 的一部分：

args=(commandArgs(TRUE))

if(length(args)==0){
    print("No arguments supplied.")
}else{
    for(i in 1:length(args)){
         eval(parse(text=args[[i]]))
    }
}


path_out = "/Users/test/Rproject/Results/"

annotation = read.csv(paste(path_in, sep=""))

modules = read.csv(paste(path_in2, sep=""))

merge_output = merge(annotation, modules, by = "Module")

如何将 path_in 定义为 argument(args) ？

谢谢你。

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3 回答 3

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=用正确的赋值运算符替换<-并用单引号保护每个参数对我有用：

Rscript /tmp/RscriptArgs.R  \
  'path_in<-"/Users/test/GR/web-app/Rproject/Inputs/Rmerge/Description.csv"'  \
  'path_in2<-"/Users/test/IdeaProjects/Rproject/Inputs/Rmerge/Template_Auto.csv"'

/tmp/RscriptArgs.R您从脚本中显示的内容在哪里。

于 2010-01-04T19:08:55.227 回答
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你有path_in=双引号，但path_in2=在外面。这可能是问题吗？

于 2010-01-04T19:06:23.920 回答
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谢谢，我只是解决我的问题！

我应该使用“path_in='/Users/test/...'”而不是“path_in=/Users/test/...”。与报价一起工作正常。

Rscript "/Users/test/Scripts/arg_test.R" "path_in='/Users/test/GR/web-app/Rproject/Inputs/Rmerge/Gene-level Description for Modules.csv'" "path_in2='/Users/test/IdeaProjects/Rproject/Inputs/Rmerge/Template_Auto.csv'"

由 Dirk 修复添加也可以正常工作（谢谢）！

于 2010-01-04T19:21:32.927 回答