r - R中Cox模型的似然比检验

Question

有谁知道似然比检验，比如 lmtest 包中的 lrtest，它适用于使用 coxph 生成的 cox 比例风险模型？lrtest 似乎不适用于 coxph 模型。

谢谢

Answer 1

在 pkg:survival 中有一个anova.coxph允许比较模型对象的功能。

fit <- coxph(Surv(futime, fustat) ~ resid.ds *rx + ecog.ps, data = ovarian) 
fit2 <- coxph(Surv(futime, fustat) ~ resid.ds +rx + ecog.ps, data=ovarian)
anova(fit2,fit)

Analysis of Deviance Table
 Cox model: response is  Surv(futime, fustat)
 Model 1: ~ resid.ds + rx + ecog.ps
 Model 2: ~ resid.ds * rx + ecog.ps
   loglik  Chisq Df P(>|Chi|) 
1 -31.970                    
2 -30.946 2.0469  1    0.1525

这是一个 LR 测试。

Answer 2

LR-Test 默认由coxph()thr 生存包返回（见最后一行）：

require(survival)
test1 <- list(time=c(4,3,1,1,2,2,3), 
              status=c(1,1,1,0,1,1,0), 
              x=c(0,2,1,1,1,0,0), 
              sex=c(0,0,0,0,1,1,1)) 
# Fit a stratified model 
coxph(Surv(time, status) ~ x + strata(sex), test1) 

Call:
coxph(formula = Surv(time, status) ~ x + strata(sex), data = test1)


   coef exp(coef) se(coef)     z    p
x 0.802      2.23    0.822 0.976 0.33

Likelihood ratio test=1.09  on 1 df, p=0.297  n= 7, number of events= 5