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我有一个维度为 dim*dim 的稀疏矩阵 P 作为指针给出

double* P

/* create the output matrix */
plhs[0] = mxCreateDoubleMatrix(dim,dim,mxREAL);

/* get a pointer to the real data in the output matrix*/
P = mxGetPr(plhs[0]);

我在 mex 文件中执行此操作,因为我需要很多 for 循环来填充 P 并且 c++ 比 matlab 快得多。

目前,dim=22500,c++ 填充 P 大约需要 2 秒(使用 matlab,这个任务需要 50 秒),大约需要 100 秒来规范化 matlab 中的矩阵,再次需要 100 秒来擦除 matlab 中的所有零列。我在 matlab 中使用以下代码执行此操作:

for i=1:size(P,1)
    if sum(P(i,:)) > 0
        sum(P(i,:))
        P(i,:)=(1/sum(P(i,:))).*P(i,:);
    end
end

% clear empty rows and colunms
P(~any(P,2),:)=[];
P(:,~any(P))=[];

我现在的问题是:我也可以在 C++ 中执行此操作吗?我尝试通过以下方式在 C++ 中规范化 P:

int i;
int j;
int sum;
int get_idx(int x, int y, int rows) {
   return x +y * rows;   
}
/* NORMALIZE */
for(i = 0; i <dim; i++)  {
    sum=0;
    for(j=0; j<dim;j++) {   
        sum = sum + P[get_idx(i,j,dim)];
    }
    if(sum > 0) {
         for(j=0; j<dim;j++) {   
           P[get_idx(i,j,p_rows)]=P[get_idx(i,j,dim)]*(1/sum);
        }
    }
}

但由于某种原因,这段代码似乎没有改变 P,而且在 c++ 中这需要大约 85 秒。有没有更快的方法也有效?另外,是否可以清除空行和空列?

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1 回答 1

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为什么选择 C++?

在规范化之前清除空行/列 - 您不需要规范化空条目。

向量化归一化:

s = sum(P, 2);
valid = s > 0;
P( valid,: ) = bsxfun(@rdivide, P(valid,:), s(valid) );

达达!

太有趣了!


更新:关于行/列的减少。
经过短暂的调查,我认为有一个〜x3的速度因素可以获得:

考虑以下三个选项:

  1. P( ~any(P,2), :) = []; P( :, ~any(P,1) ) = [];
  2. P( :, ~any(P,1) ) = []; P( ~any(P,2), :) = [];
  3. P = P( any(P,2), any(P,1) );

测试这三个备选方案,您会发现第三个备选方案快约 x3,而第一个方案比第二个方案稍慢(但始终如一)。

为什么?
如果您还记得,Matlab 以列优先的方式将 matices 存储在内存中,因此在行之前消除列可以节省一些复制和重新分配内存。

然而,第一种和第二种选择复制和重新分配内存两次:一次用于行,一次用于列,而第三种选择只与内存混淆一次!

于 2013-10-24T14:14:42.947 回答