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我正在寻找一种允许我使用 SSH 隧道连接到 R 中的 MySQL 服务器（而不是文件）的方法；我假设它需要 RCurl 和 RODBC 的组合，但我似乎无法让它正常工作。

我遇到了这篇文章和这篇文章，讨论了利用 SSH 连接到特定的文件或表，但我希望将它用作 Shiny 应用程序的一部分，该应用程序将根据用户的输入执行不同的 SQL 查询，这将需要连接到服务器而不是特定文件。

我假设代码看起来像这些行x = scp("remote.ssh.host.com", "/home/dir/file.txt", "My.SCP.Passphrase", user="username")，但是我会"/home/dir/file.txt"用一个odbcConnect()语句替换它还是用我想要访问的特定数据库的端口号替换它？

编辑：我用于常规 odbcConnect() 的行是odbcConnect(dsn, uid = "userid", pwd = "password"). 部分问题是，我正在 Windows 上开发它，但它将被部署到 Linux 服务器（由其他人处理），所以我正在努力弄清楚我的 server.R 代码中究竟需要使用什么连接到数据库。

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好的，所以要在 Windows 上进行测试，要么使用 Cygwin，要么安装OpenSSH，这样你就可以ssh在 Windows 中从命令行运行，就像在 Linux 中一样。

在 Windows 机器上ssh运行后，首先尝试通过 SSH 建立隧道。从命令行运行：

ssh -f <server_user>@<server_ip>  -L <unused_local_port>:localhost:<database_remote_port> -N

显然，用适当的信息替换 '<>' 中的所有内容。它会询问密码，记住这不是数据库密码，而是服务器本身的密码。值得注意的是，server_ip 不必是上面有数据库的服务器，只要是位于正确子网内并运行 SSH 服务器的任何服务器，这几乎是所有 Linux 机器。

现在，设置一个 ODBC 连接，除了 IP localhost和端口used_local_port。现在，尝试在 R 中连接到您的新 ODBC 连接。如果这可行，您就成功了。

下一个问题是密码，因为您必须输入密码才能通过 SSH 连接，但在 R 中，您将无法在简单的system命令后输入密码。因此，您必须设置一些公钥/私钥 rsa 密钥对。值得注意的是，这将使任何有权访问您的用户/通过您的 Windows 框的人现在都可以自动访问您的服务器，所以要小心。首先，生成一个 SSH 密钥：

ssh-keygen -t rsa

不要设置密码，并将其保存在默认位置。现在，在远程主机上为您的公钥创建目录，然后将您的公钥放在那里。

# This creates a directory on the other machine if it wasn't already there. (Type in your password on the remote machine)
ssh <server_user>@<server_ip> mkdir -p .ssh
# This adds your public key to the list of accepted ones:
cat ~/.ssh/id_rsa.pub | ssh <server_user>@<server_ip> 'cat >> .ssh/authorized_keys'

现在尝试从命令行再次创建隧道：

 ssh -f <server_user>@<server_ip>  -L <unused_local_port>:localhost:<database_remote_port> -N

如果它没有要求您输入密码，则您已成功创建密钥对。现在您已准备好从命令行运行您ssh的命令。但在您这样做之前，请尝试终止您的 ssh 命令，这样您就可以确保 R 实际上正在创建隧道，而您不仅仅是重用旧隧道。您可以通过 Windows 任务管理器 (Ctrl+Alt+Esc) 执行此操作，只需右键单击并结束处理 ssh.exe。

所以，只需运行：

system('ssh -f <server_user>@<server_ip>  -L <unused_local_port>:localhost:<database_remote_port> -N')

然后连接到新的隧道 ODBC 连接。

于 2013-10-23T21:23:48.277 回答