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假设我有一个巨大的 m*n 矩阵X(太大而无法读入内存)和V长度为 的二进制数值向量m。我的目标通过诸如(但不一定X与)或. 仅适用于对应的行。V1V[i] == 0data tablematrixbigmemoryffV[i] == 1

这可以通过黑客nrows等来完成skipread.table但我正在寻找一个bigmemoryff等。由于 RAM 不足,请键入解决方案。

这是一个不能反映我的真实大小的 MWE X

X <- array(rnorm(100*5),dim=c(100,5))
write.csv(X,"target.csv")
V <- sample(c(rep(1,50),rep(0,50))) #Only want to read in half the rows corresponding to 1's
rm(X)

#Now ... How to read "target.csv"?
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您如何使用命令行工具sed,构造一个命令,该命令会沿着您要在命令中读取的行进行传递。我不确定这是否会有一些命令长度限制......

#  Check the data
head( X )
#           [,1]        [,2]       [,3]       [,4]        [,5]
#[1,]  0.2588798  0.42229528  0.4469073  1.0684309  1.35519389
#[2,]  1.0267562  0.80299223 -0.2768111 -0.7017247 -0.06575137
#[3,]  1.0110365 -0.36998260 -0.8543176  1.6237827 -1.33320291
#[4,]  1.5968757  2.13831188  0.6978655 -0.5697239 -1.53799156
#[5,]  0.1284392  0.55596342  0.6919573  0.6558735 -1.69494827
#[6,] -0.2406540 -0.04807381 -1.1265165 -0.9917737  0.31186670

#  Check V, note row 6 above should be skipped according to this....
head(V)
# [1] 1 1 1 1 1 0

#  Get line numbers we want to read
head( which( V == 1 ) )
# [1] 1 2 3 4 5 7

#  Read the first 5 lines where V == '1' in your example (remembering to include an extra line for the header row, hence the +1 in 'which()')
read.csv( pipe( paste0("sed -n '" , paste0( c( 1 , which( V == 1 )[1:6] + 1 ) , collapse = "p; " ) , "p' C:/Data/target.csv" , collapse = "" ) ) , head=TRUE)

#  X        V1         V2         V3         V4          V5
#1 1 0.2588798  0.4222953  0.4469073  1.0684309  1.35519389
#2 2 1.0267562  0.8029922 -0.2768111 -0.7017247 -0.06575137
#3 3 1.0110365 -0.3699826 -0.8543176  1.6237827 -1.33320291
#4 4 1.5968757  2.1383119  0.6978655 -0.5697239 -1.53799156
#5 5 0.1284392  0.5559634  0.6919573  0.6558735 -1.69494827
#6 7 0.6856038  0.1082029  0.1523561 -1.4147429 -0.64041290

我们实际传递给的命令sed是......

 "sed -n '1p; 2p; 3p; 4p; 5p; 6p; 8p' C:/Data/target.csv"

我们-n用来关闭任何行的打印,然后我们使用分号分隔的行号向量,我们确实想要读取,给我们which( V == 1 ),最后是目标文件名。请记住,这些行号已被抵消,+1以说明构成标题行的行。

于 2013-10-22T09:25:36.427 回答
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ffdfindexgetfrom ffpackage 是您要查找的内容:

函数 ffdfindexget 允许根据存储在 ff 向量中的正整数下标从 ffdf data.frame 中提取行。

所以在你的例子中:

write.csv(X,"target.csv")
d <- read.csv.ffdf(file="target.csv")
i <- ff(which(V==1))
di <- ffdfindexget(d, i)
于 2013-10-22T09:24:11.307 回答
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一个可行的策略是将 CSV 文件导入数据库(R 支持与大多数数据库的连接。如果您觉得最前沿和速度很重要,请使用 MonetDB;SQLite 或其他任何方便的东西)。

然后,您可以使用 SQL 指定适当的子集并将其读入 R。

于 2013-10-22T09:30:48.280 回答
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我认为你可以使用sqldf包来实现你想要的。 sqldf将 csv 文件直接读入 SQLlite 数据库,完全绕过 R 环境。

library(sqldf)

Xfile <- file('target.csv')
sqlcmd <- paste0('select * from Xfile where rowid in (', paste(which(V==1), collapse=','), ')')
sqldf(sqlcmd, file.format=list(header=TRUE))

或者:

library(sqldf)

Vdf <- data.frame(V)
sqlcmd <- "select file.* from file, Vdf on file.rowid = Vdf.rowid and V = 1"
read.csv.sql("target.csv", sql = sqlcmd)
于 2013-10-22T09:33:00.517 回答