python - 如何将基因ID列表传递给url？

Question

我正在尝试将基因 ID 列表传递给 url。gl存储基因 ID 列表。我需要"?term="遍历列表中的元素并执行定义的函数。

import re
import urllib2

def sr():
    gl = [6323,6513]

    # need to pass the list gl here:
    s = urllib2.urlopen('http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/?term=','r')

    h = s.read()
    s.close()
    acc = re.search('gi=(.+?)&amp',h)
    if acc:
            ac = acc.group(1)
            f = open("E:/t.txt", "w")
            f.write(ac);
            f.close()

Answer 1

我不确定我了解您在寻找什么，但也许urllib.urlencode是您正在寻找的东西？urlencode将生成一个查询字符串。您可以将其与基本 URL 一起传递给urllib.urlopen.

我假设值term应该是逗号分隔的？

gl = [6323,6513]
params = urllib.urlencode({"term": ','.join(map(str, gl))})
s urllib.urlopen('http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/', params)

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正如 Peter Cock 在评论中提到的那样，您最好使用 NCBI 的官方 API Entrez（此处为指南）。Bio.Entrez提供了一个很好的界面。