r - GGplot Barplot 不接受 Y 值？

Question

我有一个数据框：

>picard
count    reads
 1    20681318
 2     3206677
 3      674351
 4      319173
 5      139411
 6      117706

如何在 ggplot（条形图）上绘制 log10（计数）与 log10（读取）？

我试过了：

ggplot(picard) + geom_bar(aes(x=log10(count),y=log10(reads)))

但它不接受 y=log10(reads)。如何绘制我的 y 值？

Answer 1

你可以做这样的事情，但是用 log10 比例绘制不连续的 x 轴对我来说没有意义：

ggplot(picard) +
    geom_bar(aes(x=count,y=reads),stat="identity") +
    scale_y_log10() +
    scale_x_log10()

如果您只想要一个具有 log10 比例的 y 轴，只需执行以下操作：

ggplot(picard) +
    geom_bar(aes(x=count,y=reads),stat="identity") +
    scale_y_log10()

Answer 2

使用stat="identity"：

ggplot(picard) + geom_bar(aes(x=log10(count),y=log10(reads)), stat="identity")

实际上，您的方法会收到警告：

将变量映射到 y 并使用 stat="bin"。使用 stat="bin"，它将尝试将 y 值设置为每组中的案例数。这可能会导致意外行为，并且不会在未来版本的 ggplot2 中被允许。如果您希望 y 表示案例计数，请使用 stat="bin" 并且不要将变量映射到 y。如果您希望 y 表示数据中的值，请使用 stat="identity"。有关示例，请参见 ?geom_bar。（已弃用；最后在 0.9.2 版中使用）

Answer 3

有一种直接的方法可以做到这一点，即使用 geom_col() 函数。只需对您的代码进行微小的调整：

ggplot(picard) + geom_col(aes(x=log10(count), y=log10(reads)))

它将给出与将stat参数设置为identitywith相同的输出geom_bar()。问题是，geom_bar()用作countstat 的默认值，因此它不会为 y 轴采用任何变量。它将简单地使用计数，即 x 轴的每个值的出现次数，因为它是 y 轴。我希望这回答了你的问题。