我刚开始学习使用命令行。希望这不是一个转储问题。
我的目录中有以下文件:
L001_R1_001.fastq
L002_R2_001.fastq
L004_R1_001.fastq
L005_R2_001.fastq
L001_R2_001.fastq
L003_R1_001.fastq
L004_R2_001.fastq
L006_R1_001.fastq
L002_R1_001.fastq
L003_R2_001.fastq
L005_R1_001.fastq
L006_R2_001.fastq
您可以在文件名中看到,它是 R1 和 R2 的混合,并且 L00 之后的数字没有排序。
我想按文件名的顺序连接文件,分别用于 R1 和 R2 文件。
如果我手动执行,它将如下所示:
# for R1 files
cat L001_R1_001.fastq L002_R1_001.fastq L003_R1_001.fastq L004_R1_001.fastq L005_R1_001.fastq L006_R1_001.fastq > R1.fastq
# for R2 files
cat L001_R2_001.fastq L002_R2_001.fastq L003_R2_001.fastq L004_R2_001.fastq L005_R2_001.fastq L006_R2_001.fastq > R2.fastq
你能帮我写一个我以后可以重复使用的脚本吗?谢谢!