r - 将巨大的相关矩阵绘制为颜色

Question

我有一个相关矩阵 $P_{i,j}$，它是 $1000 \times 1000$。给定数据，矩阵将具有相关性非常高的矩形块。也就是说，如果你在这个矩阵的任何地方画一个 $20\times 20$ 的正方形，你要么会看到一个高度相关的变量（$\rho_{i,j}> 0.8$），要么是中等到不相关的（$\in [-0.1, 0.5]$)。原因是数据的结构。

我如何以图形方式表示这一点？我知道一种可视化这样的矩阵的方法，但它只适用于小尺寸：

install.packages("plotrix")
library(plotrix)
rhoMat = array(rnorm(1000*1000),dim=c(1000,1000))
color2D.matplot(rhoMat[1:10,1:10],cs1=c(0,0.01),cs2=c(0,0),cs3=c(0,0)) #nice!
color2D.matplot(rhoMat,cs1=c(0,0.01),cs2=c(0,0),cs3=c(0,0)) #broken!

如果在矩阵 $P_{i,j}$ 的附近，相关性“趋于”高，而“趋于”低（如果它从当我们从正相关补丁移动到负相关补丁时，一种颜色到另一种颜色）。我想看看有多少高相关性的补丁，以及一个补丁是否与数据集中不同位置的另一个补丁相关。

我只想在R.

Answer 1

我认为你可以使用image参数breaks来得到你想要的东西：

dat <- matrix(runif(10000), ncol = 100)
image(dat, breaks = c(0.0, 0.8, 1.0), col = c("yellow", "red"))

我总是想不出image这种问题——名字有点不明显。我从开始，heatmap然后它导致我image。

Answer 2

查看 corrplot 包。它具有用于可视化相关性的各种工具，其中一个选项是使用层次聚类在高相关性或低相关性组周围绘制矩形。

Answer 3

我在 Excel 中很容易做到这一点。您可以根据框内的值范围更改框的颜色。您甚至可以创建一个从 0 到 1 的渐变。1000 x 1000 对于 Excel 来说会很大，但我认为它会起作用。你只需要缩小。