r - 如何在 R 中为 lmer 运行诊断图？

Question

我正在尝试在lmer模型上运行诊断图，但一直碰壁。我不确定我需要在这里提供多少信息，但这里有：

模型很简单：

best <- lmer(MSV_mm ~ Size_treat + (1|Rep) + (1|Patch) + (1|Trap), data= early_nopine).

MSV_mm是数字（鼻孔长度），Size_treat是一个具有 4 个级别的因子：连续、大、中和小。Rep，Patch并且Trap是随机效应。

当我运行时plot(best)，我收到以下错误消息：

"Error in as.double(y) : 
  cannot coerce type 'S4' to vector of type 'double'"

我认为这与lmer功能有关。我已经在网络上进行了巨魔，但尚未找到此问题的答案。这是一lmer件事吗？

score 8 · Accepted Answer

我可以用重现此错误lme4.0，这相当于lme4CRAN 的早期（1.0.0 之前）版本。如果您使用 CRAN 的最新lme4版本（截至 2013 年 10 月的 1.0-4 版），应该会发生以下情况：

library(lme4)
fm1 <- lmer(Reaction ~ Days + (Days | Subject), sleepstudy)
plot(fm1)

在此处输入图像描述

虽然plot.merMod没有导出，但它已记录在案 ( ?plot.merMod)，您可以通过lme4:::plot.merMod(或getAnywhere("plot.merMod")) 看到它。

如果你想用早期版本重现这个情节lme4，你可以这样做：

augData <- data.frame(sleepstudy,fitted=fitted(fm1),resid=residuals(fm1))
library(lattice)
xyplot(fitted~resid,data=augData)

您应该考虑是否需要偏差残差（默认来自residuals()）或 Pearson 残差（默认来自plot.merMod）。

1 回答 1