大家好,我是生物信息学的学生,正在研究 gromacs,在准备模拟时,我收到了这个错误
[root@compute-0-3 bin]# pdb2gmx -f model-317.pdb -water spce
pdb2gmx:加载共享库时出错:libmpi.so.0:无法打开共享对象文件:没有这样的文件或目录**
如何解决这个问题呢 ??
您必须设置 LD_LIBRARY_PATH 您可以在MPI 上检查更多信息 - 加载共享库时出错
谢谢和问候,
阿洛克·塔克
我发现使用它strace -eopen COMMAND
来查看实际搜索了哪些文件以及 open 为每个文件提供了什么返回码很有用。例如:
$ strace -eopen echo foo
open("/etc/ld.so.cache", O_RDONLY|O_CLOEXEC) = 3
open("/lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6", O_RDONLY|O_CLOEXEC) = 3
open("/usr/lib/locale/locale-archive", O_RDONLY|O_CLOEXEC) = 3
foo
使用此技巧来验证是否只是路径设置错误。
也libmpi.so.0
可能没有正确安装。您可能拥有该文件libmpi.so.0.1.2.3
,并且您需要运行 ldconfig 或手动创建从libmpi.so.0
to的符号链接libmpi.so.0.1.2.3
。在这里查看更多关于为什么共享库可能附加不同数字的信息:http: //tldp.org/HOWTO/Program-Library-HOWTO/shared-libraries.html