0

大家好，我是生物信息学的学生，正在研究 gromacs，在准备模拟时，我收到了这个错误

[root@compute-0-3 bin]# pdb2gmx -f model-317.pdb -water spce

pdb2gmx：加载共享库时出错：libmpi.so.0：无法打开共享对象文件：没有这样的文件或目录**

如何解决这个问题呢 ？？

4

2 回答 2

1

您必须设置 LD_LIBRARY_PATH 您可以在MPI 上检查更多信息 - 加载共享库时出错

谢谢和问候，
阿洛克·塔克

于 2013-09-27T11:47:12.053 回答
0

我发现使用它strace -eopen COMMAND来查看实际搜索了哪些文件以及 open 为每个文件提供了什么返回码很有用。例如：

$ strace -eopen echo foo
open("/etc/ld.so.cache", O_RDONLY|O_CLOEXEC) = 3
open("/lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6", O_RDONLY|O_CLOEXEC) = 3
open("/usr/lib/locale/locale-archive", O_RDONLY|O_CLOEXEC) = 3
foo

使用此技巧来验证是否只是路径设置错误。

也libmpi.so.0可能没有正确安装。您可能拥有该文件libmpi.so.0.1.2.3，并且您需要运行 ldconfig 或手动创建从libmpi.so.0to的符号链接libmpi.so.0.1.2.3。在这里查看更多关于为什么共享库可能附加不同数字的信息：http: //tldp.org/HOWTO/Program-Library-HOWTO/shared-libraries.html

于 2013-09-27T11:57:35.573 回答