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我需要创建一个 MPI 派生类型来表示我程序中的一个类。该类相当简单，但很大（大约 75 个数据成员**）。所有数据成员都是单值、一维数组或二维数组。这是一个例子：

class RestartData {
  int dsr;
  double firea2sorgn;
  int ifwoody[NUM_PFT];
  double rootfrac[MAX_ROT_LAY][NUM_PFT];
  ....
  ....
}

我认为使用MPI_Type_struct是合适的。（例如http://www.open-mpi.org/doc/v1.5/man3/MPI_Type_struct.3.php）

我或多或少遵循这个问题中的示例：struct serialization in C and transfer over MPI，但我不确定如何处理 2D 数组。我可以制作一个MPI_Type_struct包含几个MPI_Type_vectors 的吗？我一直找不到创建MPI_Type_struct包含二维数组的示例。我的方法正确吗？

提前致谢。

** 我想我理解传递单个大消息可能出现的问题，但在这种情况下，消息不经常传递，并且是在自然同步点（奴隶在完成处理数字后将数据发送回主人）

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MPI 中的派生类型可以从其他派生类型自由构造，然后用于进一步创建其他派生类型。

二维数组，只要它们在您的情况下在内存中是连续的，就与一维数组没有什么不同。对于rootfrac成员，您可以使用 type 的MAX_ROOT_LAY * NUM_PFT元素创建一个连续的数据类型，也可以使用 type 的元素MPI_DOUBLE创建一个连续的数据类型（我们称之为t_dbl_pft），然后使用它创建另一个带有 type 的元素的连续NUM_PFT数据类型。另一种选择是根本不创建数据类型，因为 MPI 结构化类型构造函数为结构的每个元素采用单独的块长度（即元素数）。MPI_DOUBLEMAX_ROOT_LAYt_dbl_pft

例如，以下类型描述了您显示的数据成员：

#include <cstddef> // for offsetof

MPI_Type t_1d;
MPI_Type_contiguous(NUM_PFT, MPI_DOUBLE, &t_1d);
// No need to commit - this type is not used for communication

MPI_Type t_restart;
int counts[4] = { 1, 1, NUM_PFT, MAX_ROT_LAY };
MPI_Type types[4] = { MPI_INT, MPI_DOUBLE, MPI_INT, t_1d };
MPI_Aint displs[4] = {
   offsetof(RestartData, dsr),
   offsetof(RestartData, firea2sorgn),
   offsetof(RestartData, ifwoody),
   offsetof(RestartData, rootfrac),
};
MPI_Type_create_struct(4, counts, displs, types, &t_restart);
MPI_Type_commit(&t_restart);

// The 1D type is no longer needed
MPI_Type_free(&t_1d);

请注意，您必须在 的成员函数内创建 MPI 数据类型，或者将创建类型RestartData的例程声明为friend类，以便它可以访问私有和受保护的数据成员。另请注意，offsetof仅适用于 POD（普通旧数据）类，例如，没有花哨的构造函数和std::string.

于 2013-09-25T09:06:44.920 回答
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最简单的方法是将整个对象视为一个大缓冲区：

MPI_Datatype datatype;

MPI_Type_contiguous(sizeof(RestartData), MPI_BYTE, &datatype);
MPI_Type_commit(&datatype);

我看不出告诉 MPI 你班级的内部结构有什么好处。

或者，二维阵列是一维阵列的阵列。所以（我想）你可以对每个数组维度使用一次调用MPI_Type_contiguous来构建数组数据类型。

于 2013-09-24T23:34:58.967 回答