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我正在尝试为报告包https://github.com/trinker/reports/生成注释，并按照 youtube 视频http://goo.gl/x9ulf0中的步骤进行操作。我确实运行了 Tyler 那里的块http://goo.gl/XHouuc但是当我尝试生成笔记时，我不断收到以下错误消息：

> notes()
Error in value[[3L]](cond) : 

Possible causes:

1) The main file directory is not set as the working directory
2) ~/ARTICLES/notes.xlsx or ~/ARTICLES/notes.csv does not exist

然后我尝试将我的工作目录设置到不同的位置，甚至将 ARTICLES 目录移动到我的主目录 ~ 目录，但无论我将 wd 放在哪里，我都会收到完全相同的消息。我阅读了 notes 函数的源代码，但无法弄清楚问题可能出在哪里。notes2 函数也给了我同样的错误

这是我的会话信息：

> sessionInfo()
R version 3.0.1 (2013-05-16)
Platform: x86_64-apple-darwin10.8.0 (64-bit)

locale:
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] knitcitations_0.4-7  bibtex_0.3-6         knitr_1.4.1          slidifyLibraries_0.3
[5] slidify_0.3.52       reports_0.2.0       

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] digest_0.6.3   evaluate_0.4.7 formatR_0.9    httr_0.2       markdown_0.6.3
 [6] RCurl_1.95-4.1 rJava_0.9-4    stringr_0.6.2  tools_3.0.1    whisker_0.3-2 
[11] xlsx_0.5.1     xlsxjars_0.5.0 XML_3.95-0.2   xtable_1.7-1   yaml_2.1.8

关于问题可能是什么的任何想法？

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1 回答 1

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@Ricardo Pietrobon 感谢您引起我的注意。

好的，问题是 xlsx 包依赖于 Depends 而不是 Imports 来加载.jnew来自 rJava 包的调用。这意味着如果您使用library(xlsx)thenread.xlsx可以正常工作，但是如果仅read.xlsx通过命名空间附加 rJava .jnew，则不会调用 rJava。因此错误。这得到证实，xlsx 的 NAMESPAE 文件包含：

import("xlsxjars")    
exportPattern("^[^\\.]")

这成为一个问题，因为 CRAN 最近需要更严格的检查，而我开始使用importFrom而不是import依赖于 Depends。实际上，我收到了 Brian Ripley 教授关于依赖 Depends 的警告。当时我不明白，但听了。我现在完全明白他在说什么。

暂时我已经添加rJava到DESCRIPTION文件中的Depends字段。这会在 CRAN 检查中引发注释，因为我依赖但不导入，并且需要在 xlsx 更新后删除。

我在下面的链接中打开了有关该问题的 xlsx 包的问题。希望这很快得到修复并上传。同时notes()应该运行良好。

https://code.google.com/p/rexcel/issues/detail?id=24&thanks=24&ts=1379267751

我在报告的 GitHub 上打开了一个关于此的问题，并且我相信原始问题已经解决，可以在那里进行进一步的对话。

于 2013-09-15T18:08:00.253 回答