r - R中系统发育树的分支长度修改

Question

我有一个 NEWICK 格式的 phylo 文件，距离很短（大约 1.042e-06），我需要“消除”这些小距离。

我曾考虑将所有距离乘以 10，因为对于我进一步需要的树，这种乘法不会产生任何效果。为此，我在 R 和函数中找到了apecompute.brlen包，与此函数一样，您可以通过函数更改分支的长度。

关于如何用这个函数将分支的长度乘以 10 的任何想法？

我试过这样做compute.brlen(tree, main=expression(rho==10))，但我认为这对我想要的不正确。

Answer 1

尝试这样做：

require(ape)       # get the ape package
mytree = rtree(10) # make a random tree, you should have instead read.tree(path_to_tree_file)
mytree$edge.length = mytree$edge.length * 10 #or any other scalar that you want

请记住，这将缩放系统发育中的所有分支长度。